Protein–RNA interactions for Protein: Q86UA1

PRPF39, Pre-mRNA-processing factor 39, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 669 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
PRPF39Q86UA1 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 PPP4R4-202ENST00000328839 876 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 RAB3IL1-202ENST00000394836 2284 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.77■■□□□ 1.72
PRPF39Q86UA1 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC25.76■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 MTMR1-202ENST00000370390 2755 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.75■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 MRPL51-201ENST00000229238 1234 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 TMEM147-202ENST00000392204 935 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC25.74■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 BRD4-212ENST00000630599 726 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.74■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 PHF23-205ENST00000571362 1768 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC25.73■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 KIAA1456-206ENST00000528753 2392 ntTSL 2 BASIC25.73■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.72■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC25.72■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 RCAN1-201ENST00000313806 2490 ntTSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 PIK3R2-207ENST00000617130 2187 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.71■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 TANGO2-214ENST00000447208 2086 ntTSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.71
PRPF39Q86UA1 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC25.7■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 LMO2-201ENST00000257818 2294 ntTSL 1 (best) BASIC25.7■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 NXPH3-201ENST00000328741 2179 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 RUNDC3A-201ENST00000225441 1821 ntTSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC25.69■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 ARTN-203ENST00000414809 1943 ntAPPRIS P4 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 FAM168B-201ENST00000389915 944 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 UBALD1-203ENST00000587649 707 ntTSL 3 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 SRP68-213ENST00000629930 165 ntTSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 PIGX-201ENST00000296333 953 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 TPT1-202ENST00000379055 948 ntTSL 2 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 AC016595.1-201ENST00000559410 383 ntTSL 3 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 AJAP1-201ENST00000378190 2383 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.66■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.65■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 PTPRF-216ENST00000617451 1129 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 CACNG7-203ENST00000391767 2688 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC25.64■■□□□ 1.7
PRPF39Q86UA1 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.64■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.64■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 LMTK3-202ENST00000600059 5113 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 NME2-205ENST00000512737 826 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 KIAA2013-201ENST00000376572 2815 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 THAP4-204ENST00000407315 2367 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 AC068134.2-201ENST00000437095 576 ntTSL 3 BASIC25.59■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 ZBTB25-202ENST00000555220 1440 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.59■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 PKIG-207ENST00000372894 1191 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC25.58■■□□□ 1.69
PRPF39Q86UA1 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 GPX1-201ENST00000419349 1106 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
PRPF39Q86UA1 TMEM55B-202ENST00000398020 1696 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 67.3 ms