Protein–RNA interactions for Protein: Q6KC79

NIPBL, Nipped-B-like protein, humanhuman

eCLIP

Length 2,804 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
NIPBLQ6KC79 RAB28-201ENST00000288723 1810 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC17.66■□□□□ 0.426e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 RCC1L-201ENST00000610322 2300 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.416e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 ABHD17A-204ENST00000590661 1079 ntTSL 1 (best) BASIC16.91■□□□□ 0.36e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 RAB28-202ENST00000330852 1715 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC16.16■□□□□ 0.186e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 MAD1L1-215ENST00000464742 449 ntTSL 513.51□□□□□ -0.253e-6■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 RAB28-205ENST00000508274 1551 ntTSL 1 (best)12.69□□□□□ -0.386e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 RCC1L-203ENST00000615250 592 ntTSL 412.61□□□□□ -0.396e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 MAD1L1-222ENST00000491858 494 ntTSL 411.78□□□□□ -0.523e-6■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 ABHD17A-205ENST00000591351 4647 ntTSL 211.09□□□□□ -0.636e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 ABHD17A-203ENST00000588598 5425 ntTSL 210.7□□□□□ -0.76e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 AC087633.2-204ENST00000621842 496 ntTSL 57.79□□□□□ -1.167e-7■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 PCNX3-201ENST00000355703 7105 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.21□□□□□ -1.266e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 RAB28-207ENST00000511649 715 ntTSL 55.97□□□□□ -1.456e-10■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 AC087633.2-205ENST00000615751 500 ntTSL 54.63□□□□□ -1.677e-7■■■■■ 29
NIPBLQ6KC79 ACSM3-203ENST00000501740 839 ntTSL 513.18□□□□□ -0.32e-6■■■■■ 28.8
NIPBLQ6KC79 KPNA4-201ENST00000334256 8981 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.28□□□□□ -1.42e-8■■■■■ 28.8
NIPBLQ6KC79 RPL23A-206ENST00000496182 636 ntTSL 3 BASIC12.35□□□□□ -0.439e-7■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 RPL23A-204ENST00000422514 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.78□□□□□ -19e-7■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 RPL23A-202ENST00000394935 580 ntTSL 38.03□□□□□ -1.129e-7■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 RPL23A-203ENST00000394938 688 ntTSL 2 BASIC6.89□□□□□ -1.319e-7■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 RPL23A-201ENST00000355731 587 ntTSL 55.31□□□□□ -1.569e-7■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 DOT1L-203ENST00000452696 624 ntTSL 313.28□□□□□ -0.285e-6■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 KMT2C-203ENST00000360104 11186 ntTSL 1 (best)3.66□□□□□ -1.825e-6■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 KMT2C-206ENST00000424877 5874 ntTSL 53.36□□□□□ -1.875e-6■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 ACSM3-205ENST00000561584 561 ntTSL 410.82□□□□□ -0.682e-6■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 SNORD36A-201ENST00000362874 73 ntBASIC-1.48□□□□□ -2.655e-12■■■■■ 28.7
NIPBLQ6KC79 CCAR1-218ENST00000630771 4540 ntTSL 5 BASIC6.05□□□□□ -1.441e-8■■■■■ 28.6
NIPBLQ6KC79 CCAR1-201ENST00000265872 4683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC4.02□□□□□ -1.771e-8■■■■■ 28.6
NIPBLQ6KC79 CCAR1-217ENST00000543719 3521 ntTSL 5 BASIC3.73□□□□□ -1.811e-8■■■■■ 28.6
NIPBLQ6KC79 CCAR1-212ENST00000540210 3415 ntTSL 1 (best)3.14□□□□□ -1.911e-8■■■■■ 28.6
NIPBLQ6KC79 CCAR1-211ENST00000539539 3224 ntTSL 23□□□□□ -1.931e-8■■■■■ 28.6
NIPBLQ6KC79 NOP58-208ENST00000488403 871 ntTSL 213.09□□□□□ -0.311e-7■■■■■ 28.4
NIPBLQ6KC79 NOP58-202ENST00000426814 655 ntTSL 213.09□□□□□ -0.311e-7■■■■■ 28.4
NIPBLQ6KC79 NOP58-205ENST00000472050 582 ntTSL 311.27□□□□□ -0.611e-7■■■■■ 28.4
NIPBLQ6KC79 NOP58-204ENST00000467734 638 ntTSL 59.75□□□□□ -0.851e-7■■■■■ 28.4
NIPBLQ6KC79 NOP58-209ENST00000492688 571 ntTSL 43.17□□□□□ -1.91e-7■■■■■ 28.4
NIPBLQ6KC79 STIP1-204ENST00000536973 738 ntTSL 511.45□□□□□ -0.589e-7■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 STIP1-201ENST00000305218 2196 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC11.25□□□□□ -0.619e-7■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 STIP1-203ENST00000358794 2743 ntTSL 1 (best) BASIC10.59□□□□□ -0.719e-7■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 STIP1-207ENST00000538945 1900 ntTSL 2 BASIC10.12□□□□□ -0.799e-7■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 STIP1-211ENST00000543847 772 ntTSL 1 (best) BASIC7.7□□□□□ -1.189e-7■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 STIP1-209ENST00000540736 399 ntTSL 25.08□□□□□ -1.69e-7■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 HSPA8-208ENST00000526686 740 ntTSL 1 (best)1.05□□□□□ -2.242e-29■■■■■ 28.2
NIPBLQ6KC79 ACSM3-213ENST00000568235 558 ntTSL 411.13□□□□□ -0.632e-6■■■■■ 28.1
NIPBLQ6KC79 SNORD13-201ENST00000459299 104 ntBASIC1.67□□□□□ -2.142e-34■■■■■ 27.9
NIPBLQ6KC79 LMLN-210ENST00000482695 2010 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC15.51■□□□□ 0.073e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CIC-208ENST00000575839 335 ntTSL 514.92□□□□□ -0.023e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 LMLN-204ENST00000420910 2423 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC13.37□□□□□ -0.273e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CBFA2T3-206ENST00000563920 1815 ntTSL 213.22□□□□□ -0.293e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 HMBOX1-209ENST00000522468 817 ntTSL 313.02□□□□□ -0.333e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 RNF157-202ENST00000319945 2937 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC12.9□□□□□ -0.343e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CBFA2T3-205ENST00000563856 2380 ntTSL 212.73□□□□□ -0.373e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-210ENST00000613647 4438 ntTSL 5 BASIC12.64□□□□□ -0.393e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CIC-201ENST00000160740 6111 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC12.54□□□□□ -0.43e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-202ENST00000340107 4293 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC12.13□□□□□ -0.473e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-215ENST00000515516 661 ntTSL 511.93□□□□□ -0.53e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-205ENST00000440486 4287 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.53e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-204ENST00000412135 3951 ntTSL 5 BASIC11.7□□□□□ -0.543e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 RNF157-201ENST00000269391 4955 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.44□□□□□ -0.583e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-208ENST00000481110 4217 ntTSL 1 (best) BASIC11.33□□□□□ -0.63e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CTTN-209ENST00000525276 584 ntTSL 310.78□□□□□ -0.683e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-203ENST00000352904 3733 ntTSL 1 (best) BASIC10.46□□□□□ -0.743e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 LMLN-203ENST00000419117 474 ntTSL 410.38□□□□□ -0.753e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-206ENST00000445265 4825 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC10.18□□□□□ -0.783e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 PMS2CL-202ENST00000403974 1529 ntBASIC10.1□□□□□ -0.793e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 FGFR3-201ENST00000260795 4132 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC10.1□□□□□ -0.793e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 EIF2AK1-201ENST00000199389 4469 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC9.74□□□□□ -0.853e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-207ENST00000504761 4467 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC9.6□□□□□ -0.873e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-202ENST00000377797 5095 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC9.55□□□□□ -0.883e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-201ENST00000323668 4832 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC9.22□□□□□ -0.933e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-203ENST00000394269 3400 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC8.81□□□□□ -13e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 LMLN-205ENST00000451139 5998 ntTSL 58.36□□□□□ -1.073e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-205ENST00000439160 4644 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.99□□□□□ -1.133e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 EIF2AK1-209ENST00000490523 905 ntTSL 27.98□□□□□ -1.133e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 ORC1-201ENST00000371566 3080 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC7.9□□□□□ -1.143e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CIC-204ENST00000572681 8218 ntTSL 5 BASIC7.5□□□□□ -1.213e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-211ENST00000513346 4646 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.48□□□□□ -1.213e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-204ENST00000427724 4272 ntAPPRIS ALT2 TSL 57.42□□□□□ -1.223e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 TCOF1-214ENST00000515035 5240 ntTSL 27.32□□□□□ -1.243e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 PMS2CL-204ENST00000486256 3327 ntTSL 1 (best) BASIC7.1□□□□□ -1.273e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 ORC1-202ENST00000371568 3157 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC6.96□□□□□ -1.33e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 ACSM3-209ENST00000564701 756 ntTSL 36.95□□□□□ -1.33e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 KIAA0368-201ENST00000259335 7391 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC6.88□□□□□ -1.313e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 LMLN-202ENST00000332636 1812 ntTSL 1 (best) BASIC6.47□□□□□ -1.373e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 KIAA0368-202ENST00000338205 7078 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC6.22□□□□□ -1.413e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 LMLN-201ENST00000330198 7043 ntTSL 1 (best) BASIC6.16□□□□□ -1.423e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 CPSF6-202ENST00000435070 6616 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.19□□□□□ -1.583e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MYSM1-203ENST00000472487 7785 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC3.83□□□□□ -1.83e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 XRN1-209ENST00000472625 420 ntTSL 53.22□□□□□ -1.893e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 XRN1-201ENST00000264951 10143 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC3.03□□□□□ -1.923e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 XRN1-202ENST00000392981 5383 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC2.38□□□□□ -2.033e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MYSM1-201ENST00000401044 3176 ntTSL 1 (best)2.31□□□□□ -2.043e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MYSM1-207ENST00000493821 7793 ntTSL 1 (best)1.93□□□□□ -2.13e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MYSM1-208ENST00000622766 6020 ntTSL 1 (best) BASIC1.28□□□□□ -2.23e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 XRN1-214ENST00000498077 5600 ntTSL 51.11□□□□□ -2.233e-7■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MBOAT2-207ENST00000477073 754 ntTSL 317.68■□□□□ 0.422e-6■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MBOAT2-203ENST00000462696 580 ntTSL 415.03■□□□□ -02e-6■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MBOAT2-201ENST00000305997 7751 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.57□□□□□ -1.042e-6■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MBOAT2-206ENST00000474341 713 ntTSL 53.16□□□□□ -1.92e-6■■■■■ 27.8
NIPBLQ6KC79 MBOAT2-209ENST00000486484 1351 ntTSL 22.94□□□□□ -1.942e-6■■■■■ 27.8
Retrieved 100 of 8,528 protein–RNA pairs in 103.8 ms