Protein–RNA interactions for Protein: Q61164

Ctcf, Transcriptional repressor CTCF, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 736 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CtcfQ61164 Srcap-210ENSMUST00000188124 2048 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.94■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Gm10499-202ENSMUST00000174778 1698 ntTSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Flot2-201ENSMUST00000072289 2621 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.94■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Strn3-202ENSMUST00000169503 2791 ntTSL 1 (best) BASIC24.93■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Glrx3-201ENSMUST00000064404 1685 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Nrsn1-201ENSMUST00000057866 2222 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Slc16a11-211ENSMUST00000171032 1754 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.92■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Inafm2-201ENSMUST00000149978 3053 ntAPPRIS P1 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Gorasp2-205ENSMUST00000133432 1941 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.91■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Slc44a1-203ENSMUST00000107646 1974 ntTSL 5 BASIC24.91■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.9■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Evx2-202ENSMUST00000173623 1428 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.89■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Uba52-207ENSMUST00000140679 697 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.89■■□□□ 1.58
CtcfQ61164 Iscu-203ENSMUST00000112312 1116 ntTSL 5 BASIC24.88■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Gm9939-201ENSMUST00000067161 1154 ntBASIC24.88■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Jmjd6-201ENSMUST00000047616 1668 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.88■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Kcnc3-206ENSMUST00000208651 2728 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Gm28052-201ENSMUST00000150388 380 ntTSL 3 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Dnajb2-202ENSMUST00000082158 1253 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.87■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Impdh1-201ENSMUST00000078155 2437 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Nudt9-201ENSMUST00000031250 1488 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.87■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.86■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Rfxap-201ENSMUST00000044373 2162 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.86■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Etfa-201ENSMUST00000034866 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC24.85■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Actr5-201ENSMUST00000045644 2402 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Tceal5-201ENSMUST00000066819 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Gipc1-201ENSMUST00000019577 1522 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Manf-202ENSMUST00000159283 2247 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.84■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC24.83■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Ell2-205ENSMUST00000222194 434 ntTSL 3 BASIC24.83■■□□□ 1.57
CtcfQ61164 Mgrn1-202ENSMUST00000070658 3290 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.83■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Mta3-204ENSMUST00000112352 2674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.82■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Gm11529-201ENSMUST00000153012 639 ntTSL 1 (best) BASIC24.82■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Gm12523-201ENSMUST00000148844 599 ntTSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Gm19582-201ENSMUST00000187511 841 ntTSL 2 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Insc-208ENSMUST00000169913 2321 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.81■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Ing2-201ENSMUST00000080353 2812 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.81■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC24.8■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.8■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Glrx2-205ENSMUST00000145571 758 ntTSL 2 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Bean1-205ENSMUST00000212979 2131 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC24.8■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Ttc7b-201ENSMUST00000062957 3446 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.79■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Amigo1-201ENSMUST00000050909 5030 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Tirap-207ENSMUST00000177129 2366 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.78■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Ccnyl1-203ENSMUST00000187170 1506 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Epb41l4b-201ENSMUST00000030142 3247 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Armc10-201ENSMUST00000072896 2221 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Gm6821-201ENSMUST00000107540 542 ntBASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Taf4-201ENSMUST00000041618 4416 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.77■■□□□ 1.56
CtcfQ61164 Lrrc14-201ENSMUST00000036423 2093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Gm42699-201ENSMUST00000198104 1657 ntBASIC24.76■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Eci1-201ENSMUST00000024946 1091 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Znrf2-201ENSMUST00000079869 5886 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Mlycd-201ENSMUST00000098367 2128 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.76■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Carm1-203ENSMUST00000115395 3152 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Triobp-201ENSMUST00000109687 2570 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.75■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Rbm45-201ENSMUST00000046389 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Cbln2-203ENSMUST00000122464 1907 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.74■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC24.73■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Abhd17c-201ENSMUST00000117085 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.73■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Tsen34-211ENSMUST00000205287 1375 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Acvr2b-201ENSMUST00000035093 1729 ntTSL 5 BASIC24.72■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Smurf1-203ENSMUST00000110677 5420 ntTSL 5 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Ubl3-204ENSMUST00000201595 2064 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.71■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Sorcs2-202ENSMUST00000070720 2089 ntTSL 1 (best) BASIC24.71■■□□□ 1.55
CtcfQ61164 Irak1-202ENSMUST00000068286 2537 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Mxd4-202ENSMUST00000119171 1160 ntTSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Gm37136-201ENSMUST00000194368 194 ntBASIC24.7■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Porcn-201ENSMUST00000077595 1872 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Porcn-204ENSMUST00000089403 1854 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.7■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Bcl7c-207ENSMUST00000207019 654 ntTSL 3 BASIC24.69■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Olfm2-203ENSMUST00000215999 1895 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC24.68■■□□□ 1.54
CtcfQ61164 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.68■■□□□ 1.54
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 28.1 ms