Protein–RNA interactions for Protein: Q16630

CPSF6, Cleavage and polyadenylation specificity factor subunit 6, humanhuman

Known RBP eCLIP

Length 551 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CPSF6Q16630 BRD9-201ENST00000466684 1417 ntTSL 214.84□□□□□ -0.032e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 REV3L-205ENST00000422377 10964 ntTSL 213.7□□□□□ -0.222e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-204ENST00000475218 1791 ntTSL 1 (best)13.08□□□□□ -0.322e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 REV3L-207ENST00000435970 10943 ntTSL 2 BASIC12.99□□□□□ -0.332e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 CSTF3-206ENST00000524827 693 ntTSL 3 BASIC12.54□□□□□ -0.43e-6■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 BRD9-204ENST00000483173 2120 ntTSL 2 BASIC12.25□□□□□ -0.452e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 BRD9-206ENST00000487688 753 ntTSL 512.12□□□□□ -0.472e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 REV3L-201ENST00000358835 10815 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC11.92□□□□□ -0.52e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-207ENST00000461764 1841 ntTSL 511.84□□□□□ -0.516e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-210ENST00000493727 937 ntTSL 511.54□□□□□ -0.562e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-218ENST00000485087 1738 ntTSL 511.04□□□□□ -0.646e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-211ENST00000468167 1767 ntTSL 510.6□□□□□ -0.716e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 REV3L-202ENST00000368802 10701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC10.17□□□□□ -0.782e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 BRD9-209ENST00000490814 3477 ntTSL 1 (best)9.87□□□□□ -0.832e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-210ENST00000467309 1313 ntTSL 1 (best)9.3□□□□□ -0.926e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-205ENST00000437147 2295 ntTSL 1 (best)9.16□□□□□ -0.946e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-202ENST00000373775 2199 ntTSL 59.05□□□□□ -0.966e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-208ENST00000462588 1826 ntTSL 1 (best)9.03□□□□□ -0.966e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-204ENST00000423759 7722 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC7.99□□□□□ -1.136e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-203ENST00000373790 7629 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC7.94□□□□□ -1.146e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 REV3L-203ENST00000368805 10461 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC7.67□□□□□ -1.182e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 TAF1-215ENST00000482544 768 ntTSL 37.6□□□□□ -1.196e-11■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-207ENST00000481131 678 ntTSL 37.48□□□□□ -1.212e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 UPF3A-205ENST00000479712 423 ntTSL 27.21□□□□□ -1.262e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 CSTF3-207ENST00000526480 479 ntTSL 36.74□□□□□ -1.333e-6■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 CSTF3-201ENST00000323959 2797 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC5.94□□□□□ -1.463e-6■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 REV3L-206ENST00000434009 10644 ntTSL 22.32□□□□□ -2.042e-7■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 CHD2-223ENST00000636306 1755 ntTSL 59.98□□□□□ -0.813e-6■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 CHD2-226ENST00000636881 3545 ntTSL 58.25□□□□□ -1.093e-6■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 CHD2-227ENST00000637572 4452 ntTSL 55.43□□□□□ -1.543e-6■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 MALAT1-201ENST00000508832 1519 ntTSL 2 BASIC8.7□□□□□ -1.021e-323■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 MALAT1-208ENST00000616527 572 ntTSL 3 BASIC7.63□□□□□ -1.191e-323■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 MALAT1-214ENST00000618925 424 ntTSL 5 BASIC7.6□□□□□ -1.191e-323■■■□□ 16.2
CPSF6Q16630 C21orf59-206ENST00000440966 1082 ntTSL 317.69■□□□□ 0.421e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 C21orf59-201ENST00000290155 1692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC17.6■□□□□ 0.411e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 C21orf59-207ENST00000458138 863 ntTSL 317.07■□□□□ 0.321e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 C21orf59-202ENST00000300260 1243 ntTSL 216.93■□□□□ 0.31e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 AP000275.2-202ENST00000553001 929 ntTSL 5 BASIC15.56■□□□□ 0.081e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 C21orf59-203ENST00000382549 2503 ntTSL 1 (best) BASIC13.3□□□□□ -0.281e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 AP000275.2-201ENST00000431216 891 ntAPPRIS P1 TSL 58.58□□□□□ -1.041e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 GOLGA4-208ENST00000444882 1451 ntTSL 1 (best) BASIC19.09■□□□□ 0.653e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 GOLGA4-202ENST00000361924 7772 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC11.92□□□□□ -0.53e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 GOLGA4-201ENST00000356847 7673 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC11.56□□□□□ -0.563e-6■■■□□ 16.1
CPSF6Q16630 UBN1-201ENST00000262376 6252 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC18.09■□□□□ 0.496e-7■■■□□ 16
CPSF6Q16630 UBN1-206ENST00000587027 837 ntTSL 312.89□□□□□ -0.356e-7■■■□□ 16
CPSF6Q16630 UBN1-202ENST00000396658 6336 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC12.57□□□□□ -0.46e-7■■■□□ 16
CPSF6Q16630 UBN1-208ENST00000590769 3530 ntTSL 2 BASIC7.31□□□□□ -1.246e-7■■■□□ 16
CPSF6Q16630 SETD5-227ENST00000492939 634 ntTSL 211.21□□□□□ -0.615e-14■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 SETD5-213ENST00000459941 1074 ntTSL 511.2□□□□□ -0.625e-14■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 SETD5-223ENST00000479538 427 ntTSL 310.78□□□□□ -0.685e-14■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 SETD5-224ENST00000486465 886 ntTSL 210.78□□□□□ -0.685e-14■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 AL034397.2-201ENST00000424241 857 ntTSL 2 BASIC7.02□□□□□ -1.293e-7■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 AP000547.3-202ENST00000592107 1019 ntTSL 1 (best) BASIC25.08■■□□□ 1.612e-17■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 TPTEP1-205ENST00000558085 1738 ntTSL 2 BASIC20.53■□□□□ 0.882e-17■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 AP000547.3-201ENST00000592918 1576 ntTSL 1 (best) BASIC20.02■□□□□ 0.82e-17■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 TPTEP1-202ENST00000400593 1430 ntTSL 1 (best)15.26■□□□□ 0.032e-17■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 TPTEP1-204ENST00000426585 5725 ntTSL 1 (best)12.8□□□□□ -0.362e-17■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 AP000547.3-203ENST00000591299 751 ntTSL 2 BASIC11.24□□□□□ -0.612e-17■■■□□ 15.9
CPSF6Q16630 SUB1-205ENST00000504789 570 ntTSL 418.19■□□□□ 0.51e-10■■■□□ 15.8
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CPSF6Q16630 SUB1-209ENST00000511615 1658 ntTSL 1 (best)9.19□□□□□ -0.941e-10■■■□□ 15.8
CPSF6Q16630 SUB1-201ENST00000265073 3507 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC8.66□□□□□ -1.021e-10■■■□□ 15.8
CPSF6Q16630 SUB1-204ENST00000504016 509 ntTSL 37.77□□□□□ -1.171e-10■■■□□ 15.8
CPSF6Q16630 SUB1-211ENST00000512913 684 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.54□□□□□ -1.361e-10■■■□□ 15.8
CPSF6Q16630 SUB1-206ENST00000506237 908 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC6.3□□□□□ -1.41e-10■■■□□ 15.8
CPSF6Q16630 MIR92A1-201ENST00000385233 78 ntBASIC0.56□□□□□ -2.321e-10■■■□□ 15.8
CPSF6Q16630 ANP32A-210ENST00000560303 724 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC13.68□□□□□ -0.223e-17■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 LINC02476-201ENST00000426413 1577 ntTSL 2 BASIC7.63□□□□□ -1.195e-9■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 LINC02476-202ENST00000431071 559 ntTSL 4 BASIC6.93□□□□□ -1.35e-9■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 CCDC144NL-AS1-209ENST00000577860 884 ntTSL 5 BASIC13.19□□□□□ -0.33e-6■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 CCDC144NL-AS1-205ENST00000439794 481 ntTSL 313.19□□□□□ -0.33e-6■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 CCDC144NL-AS1-207ENST00000577537 3727 ntTSL 2 BASIC10.37□□□□□ -0.753e-6■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 CCDC144NL-AS1-218ENST00000583962 3352 ntTSL 1 (best)9.97□□□□□ -0.813e-6■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 CCDC144NL-AS1-215ENST00000582324 756 ntTSL 39.74□□□□□ -0.853e-6■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 CCDC144NL-AS1-201ENST00000417232 709 ntTSL 37.86□□□□□ -1.153e-6■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 MGEA5-205ENST00000439817 5043 ntTSL 5 BASIC20.33■□□□□ 0.856e-8■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 MGEA5-202ENST00000361464 5155 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC16.71■□□□□ 0.276e-8■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 MGEA5-203ENST00000370094 3314 ntTSL 1 (best) BASIC15.31■□□□□ 0.046e-8■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 MGEA5-201ENST00000357797 3263 ntTSL 1 (best) BASIC15□□□□□ -0.016e-8■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 MGEA5-209ENST00000482611 1664 ntTSL 1 (best)6.08□□□□□ -1.446e-8■■■□□ 15.7
CPSF6Q16630 SAP30BP-212ENST00000580322 1558 ntTSL 522.08■■□□□ 1.123e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-213ENST00000580484 686 ntTSL 318.21■□□□□ 0.513e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-226ENST00000584861 579 ntTSL 216.27■□□□□ 0.23e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-201ENST00000293208 1272 ntTSL 515.88■□□□□ 0.133e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 TNRC6A-209ENST00000562829 277 ntTSL 215.56■□□□□ 0.083e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-219ENST00000583170 553 ntTSL 415.42■□□□□ 0.063e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-204ENST00000577292 1097 ntTSL 215.42■□□□□ 0.063e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-221ENST00000583536 1000 ntTSL 315.42■□□□□ 0.063e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-217ENST00000582022 2409 ntTSL 1 (best)14.6□□□□□ -0.073e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-205ENST00000578288 870 ntTSL 1 (best)13.81□□□□□ -0.23e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-222ENST00000583737 525 ntTSL 413.78□□□□□ -0.23e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-211ENST00000579877 561 ntTSL 213.69□□□□□ -0.223e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-202ENST00000355423 2439 ntTSL 2 BASIC13.39□□□□□ -0.273e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 SAP30BP-225ENST00000584667 2722 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC13.19□□□□□ -0.33e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 HNRNPC-205ENST00000553300 1375 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC12.29□□□□□ -0.443e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 TNRC6A-211ENST00000566108 454 ntTSL 312□□□□□ -0.493e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 HNRNPC-221ENST00000555883 1182 ntTSL 1 (best) BASIC11.72□□□□□ -0.533e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 HNRNPC-202ENST00000420743 1559 ntTSL 2 BASIC11.22□□□□□ -0.613e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 HNRNPC-214ENST00000554969 1924 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC10.25□□□□□ -0.773e-7■■■□□ 15.6
CPSF6Q16630 HNRNPC-231ENST00000557336 580 ntTSL 310.23□□□□□ -0.773e-7■■■□□ 15.6
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