Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP4Q13107 CCM2L-201ENST00000262659 2523 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.09■■□□□ 1.77
USP4Q13107 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP4Q13107 TMEM9-201ENST00000367330 1959 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP4Q13107 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP4Q13107 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP4Q13107 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP4Q13107 HYI-213ENST00000583037 1322 ntTSL 5 BASIC26.08■■□□□ 1.77
USP4Q13107 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP4Q13107 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP4Q13107 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP4Q13107 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP4Q13107 COL13A1-213ENST00000520267 2276 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.07■■□□□ 1.76
USP4Q13107 GABRA5-203ENST00000400081 2761 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP4Q13107 BTBD19-201ENST00000409335 1214 ntTSL 5 BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP4Q13107 U85056.1-201ENST00000616429 682 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
USP4Q13107 AC012354.3-201ENST00000623734 483 ntBASIC26.06■■□□□ 1.76
USP4Q13107 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.06■■□□□ 1.76
USP4Q13107 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP4Q13107 TRIM52-AS1-202ENST00000507434 672 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP4Q13107 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP4Q13107 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC26.05■■□□□ 1.76
USP4Q13107 YBX2-201ENST00000007699 1590 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP4Q13107 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP4Q13107 DPF1-202ENST00000412732 2303 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP4Q13107 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC26.04■■□□□ 1.76
USP4Q13107 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP4Q13107 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP4Q13107 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.03■■□□□ 1.76
USP4Q13107 MANF-204ENST00000528157 1153 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP4Q13107 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP4Q13107 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC26.02■■□□□ 1.76
USP4Q13107 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 AL590677.1-201ENST00000438431 380 ntTSL 5 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 NEURL1B-203ENST00000522853 1263 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 HNRNPUL1-221ENST00000617305 1018 ntTSL 1 (best) BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC26.01■■□□□ 1.75
USP4Q13107 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP4Q13107 HOOK2-201ENST00000264827 2603 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP4Q13107 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP4Q13107 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP4Q13107 SNX5-219ENST00000606602 885 ntTSL 1 (best) BASIC26■■□□□ 1.75
USP4Q13107 TESK1-201ENST00000336395 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP4Q13107 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP4Q13107 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP4Q13107 WSB2-201ENST00000315436 2646 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.99■■□□□ 1.75
USP4Q13107 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP4Q13107 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.98■■□□□ 1.75
USP4Q13107 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP4Q13107 CCNYL1-203ENST00000392209 1952 ntTSL 2 BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP4Q13107 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP4Q13107 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.98■■□□□ 1.75
USP4Q13107 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP4Q13107 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP4Q13107 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP4Q13107 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP4Q13107 ADAP1-201ENST00000265846 2363 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.97■■□□□ 1.75
USP4Q13107 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.97■■□□□ 1.75
USP4Q13107 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP4Q13107 THAP11-201ENST00000303596 2114 ntAPPRIS P1 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP4Q13107 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP4Q13107 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP4Q13107 TSPOAP1-AS1-203ENST00000579527 2042 ntTSL 2 BASIC25.96■■□□□ 1.75
USP4Q13107 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP4Q13107 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.75
USP4Q13107 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP4Q13107 ACTR3B-201ENST00000256001 2216 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP4Q13107 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.95■■□□□ 1.74
USP4Q13107 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP4Q13107 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP4Q13107 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP4Q13107 ST6GALNAC6-205ENST00000373146 2460 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP4Q13107 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.94■■□□□ 1.74
USP4Q13107 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.94■■□□□ 1.74
USP4Q13107 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 ZSCAN1-202ENST00000391700 952 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 EMID1-203ENST00000404820 2118 ntTSL 5 BASIC25.93■■□□□ 1.74
USP4Q13107 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP4Q13107 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP4Q13107 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.92■■□□□ 1.74
USP4Q13107 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP4Q13107 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.92■■□□□ 1.74
USP4Q13107 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP4Q13107 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP4Q13107 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.91■■□□□ 1.74
USP4Q13107 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.91■■□□□ 1.74
USP4Q13107 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP4Q13107 PLSCR3-209ENST00000574401 2032 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.9■■□□□ 1.74
USP4Q13107 BMP7-204ENST00000450594 1857 ntTSL 2 BASIC25.89■■□□□ 1.74
USP4Q13107 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC25.89■■□□□ 1.74
USP4Q13107 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC25.89■■□□□ 1.74
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