Protein–RNA interactions for Protein: P67809

YBX1, Nuclease-sensitive element-binding protein 1, humanhuman

Known RBP Predictions only

Length 324 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
YBX1P67809 SHF-207ENST00000560540 2062 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
YBX1P67809 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.5
YBX1P67809 PROC-203ENST00000409048 1586 ntTSL 5 BASIC24.39■■□□□ 1.5
YBX1P67809 RNF19B-201ENST00000235150 2334 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
YBX1P67809 CPTP-201ENST00000343938 2190 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.39■■□□□ 1.49
YBX1P67809 CLK2-203ENST00000368361 2166 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
YBX1P67809 SLC9A3R2-201ENST00000424542 2194 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.39■■□□□ 1.49
YBX1P67809 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.38■■□□□ 1.49
YBX1P67809 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC24.38■■□□□ 1.49
YBX1P67809 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC24.38■■□□□ 1.49
YBX1P67809 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC24.37■■□□□ 1.49
YBX1P67809 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC24.36■■□□□ 1.49
YBX1P67809 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.36■■□□□ 1.49
YBX1P67809 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC24.36■■□□□ 1.49
YBX1P67809 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC24.36■■□□□ 1.49
YBX1P67809 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC24.35■■□□□ 1.49
YBX1P67809 PWWP2B-201ENST00000305233 2651 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
YBX1P67809 AKAP17A-202ENST00000381261 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
YBX1P67809 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.35■■□□□ 1.49
YBX1P67809 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.35■■□□□ 1.49
YBX1P67809 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
YBX1P67809 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.34■■□□□ 1.49
YBX1P67809 FAM220A-201ENST00000313324 2214 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
YBX1P67809 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC24.33■■□□□ 1.48
YBX1P67809 UCK1-204ENST00000372215 2167 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
YBX1P67809 DEDD-212ENST00000545495 2329 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.32■■□□□ 1.48
YBX1P67809 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC24.32■■□□□ 1.48
YBX1P67809 NKPD1-202ENST00000589776 1950 ntAPPRIS P1 BASIC24.32■■□□□ 1.48
YBX1P67809 PKM-203ENST00000389093 2279 ntTSL 5 BASIC24.32■■□□□ 1.48
YBX1P67809 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC24.31■■□□□ 1.48
YBX1P67809 RTN2-202ENST00000344680 2063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
YBX1P67809 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
YBX1P67809 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC24.31■■□□□ 1.48
YBX1P67809 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC24.31■■□□□ 1.48
YBX1P67809 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 MSANTD2-201ENST00000239614 2495 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 RFLNA-205ENST00000546355 2354 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 AKAP8L-208ENST00000595465 1933 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 TLE6-201ENST00000246112 2100 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 DACT2-202ENST00000366796 2028 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.3■■□□□ 1.48
YBX1P67809 APLP1-201ENST00000221891 2495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 ACAA1-220ENST00000627515 1862 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 AC135731.1-201ENST00000569415 2548 ntBASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 DDX42-201ENST00000359353 2783 ntTSL 5 BASIC24.29■■□□□ 1.48
YBX1P67809 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC24.28■■□□□ 1.48
YBX1P67809 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 FGF19-201ENST00000294312 2447 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 SKOR2-203ENST00000620245 3048 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 RTN2-208ENST00000590526 2357 ntTSL 5 BASIC24.27■■□□□ 1.48
YBX1P67809 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.26■■□□□ 1.47
YBX1P67809 CREM-210ENST00000374721 2020 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
YBX1P67809 DAZAP1-202ENST00000336761 2290 ntTSL 5 BASIC24.26■■□□□ 1.47
YBX1P67809 DEAF1-201ENST00000382409 2500 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
YBX1P67809 GPS1-204ENST00000392358 2276 ntTSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
YBX1P67809 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.25■■□□□ 1.47
YBX1P67809 REXO4-202ENST00000371942 2360 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.24■■□□□ 1.47
YBX1P67809 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC24.24■■□□□ 1.47
YBX1P67809 KANSL2-215ENST00000553086 1830 ntTSL 5 BASIC24.24■■□□□ 1.47
YBX1P67809 SOX1-201ENST00000330949 2842 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 BCAP31-207ENST00000458587 1810 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 TAZ-213ENST00000601016 1889 ntTSL 1 (best) BASIC24.23■■□□□ 1.47
YBX1P67809 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
YBX1P67809 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC24.22■■□□□ 1.47
YBX1P67809 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.22■■□□□ 1.47
YBX1P67809 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
YBX1P67809 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC24.22■■□□□ 1.47
YBX1P67809 RPUSD1-207ENST00000565809 1918 ntTSL 2 BASIC24.22■■□□□ 1.47
YBX1P67809 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.21■■□□□ 1.47
YBX1P67809 BCL7C-202ENST00000380317 2409 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
YBX1P67809 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
YBX1P67809 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC24.21■■□□□ 1.47
YBX1P67809 ZDHHC16-204ENST00000370842 1877 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC24.21■■□□□ 1.47
YBX1P67809 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC24.21■■□□□ 1.47
YBX1P67809 ABL2-203ENST00000392043 2140 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
YBX1P67809 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.47
YBX1P67809 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
YBX1P67809 CTSA-203ENST00000372459 1972 ntTSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
YBX1P67809 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
YBX1P67809 RPS2-201ENST00000343262 985 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.2■■□□□ 1.46
YBX1P67809 FAM66E-202ENST00000533615 2087 ntTSL 2 BASIC24.2■■□□□ 1.46
YBX1P67809 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
YBX1P67809 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
YBX1P67809 ACSS1-203ENST00000432802 2438 ntTSL 2 BASIC24.19■■□□□ 1.46
YBX1P67809 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC24.19■■□□□ 1.46
YBX1P67809 U2AF1-201ENST00000291552 962 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.19■■□□□ 1.46
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 77.1 ms