Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 SH3BP2-221ENST00000511747 2351 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 AC093390.2-201ENST00000638628 1007 ntTSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 CLEC11A-201ENST00000250340 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 AC009299.2-201ENST00000482477 511 ntBASIC27.14■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 PAOX-206ENST00000480071 1324 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 RASGRP2-204ENST00000377487 642 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 NKIRAS2-208ENST00000462043 585 ntTSL 4 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 RAD51-208ENST00000532743 1515 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 S100A6-201ENST00000368719 665 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 CUL4A-202ENST00000375440 2364 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 ABHD17B-202ENST00000377041 1312 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 CTAG1B-201ENST00000328435 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 DUX4L9-201ENST00000449051 1259 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 CTAG1A-202ENST00000599837 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC27.11■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 EMC10-202ENST00000376918 2014 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL4A4P53420 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.08■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 AC131212.1-201ENST00000613771 668 ntBASIC27.08■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 ANKRD13D-211ENST00000511455 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 FOXA2-202ENST00000419308 2422 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 CCDC160-202ENST00000517294 1790 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 KCNF1-201ENST00000295082 2289 ntAPPRIS P1 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 BEX3-202ENST00000372634 753 ntTSL 2 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 KRT8P33-201ENST00000508125 1423 ntBASIC27.02■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 SLC16A11-201ENST00000308009 1803 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 PNMT-201ENST00000269582 1253 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.92
COL4A4P53420 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MORF4L1-203ENST00000426013 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 YIF1A-201ENST00000359461 943 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 YIF1A-203ENST00000376901 1124 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 FGFRL1-205ENST00000510644 2304 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC26.99■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AC025884.2-201ENST00000553429 711 ntBASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AMZ2-201ENST00000359783 1722 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 SIRT3-201ENST00000382743 2543 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 IGFBP7-201ENST00000295666 1427 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 TMEM151B-201ENST00000438774 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 TMEM238-201ENST00000444469 1000 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 RNF130-205ENST00000521389 2263 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MDK-203ENST00000395566 828 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AP004833.2-201ENST00000532228 1454 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 SOHLH1-202ENST00000425225 1411 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.96■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC26.95■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL4A4P53420 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL4A4P53420 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 97.9 ms