Protein–RNA interactions for Protein: P40201

Chd1, Chromodomain-helicase-DNA-binding protein 1, mousemouse

Predictions only

Length 1,711 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Chd1P40201 Hrh3-205ENSMUST00000165762 1368 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.35■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Ccdc85c-201ENSMUST00000136175 1302 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Gm44428-201ENSMUST00000204474 874 ntBASIC36.34■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Eid1-201ENSMUST00000164756 1691 ntAPPRIS P1 BASIC36.34■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Mtch1-202ENSMUST00000118366 1867 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Gm20458-201ENSMUST00000164863 1369 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.34■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Vax1-201ENSMUST00000172821 1044 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.34■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.33■■■■□ 3.41
Chd1P40201 Srcap-202ENSMUST00000098025 1257 ntTSL 5 BASIC36.32■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Shf-203ENSMUST00000110531 1557 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC36.31■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Nsd1-203ENSMUST00000224156 1149 ntBASIC36.31■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Eed-201ENSMUST00000107234 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Chd1P40201 4930597O21Rik-201ENSMUST00000065878 984 ntTSL 1 (best) BASIC36.31■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Mta3-201ENSMUST00000067826 2087 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Gm9767-201ENSMUST00000041011 1193 ntAPPRIS P1 BASIC36.3■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Ctxn1-201ENSMUST00000053252 1212 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.3■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC36.29■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Ube2i-206ENSMUST00000172618 1559 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Arhgap39-204ENSMUST00000176219 542 ntTSL 5 BASIC36.28■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Smco4-203ENSMUST00000215907 994 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.28■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Gm26533-201ENSMUST00000180550 1790 ntTSL 1 (best) BASIC36.27■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Pfdn4-204ENSMUST00000109148 736 ntTSL 3 BASIC36.26■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Arpc2-203ENSMUST00000113820 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Dazap1-201ENSMUST00000092305 1994 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.26■■■■□ 3.4
Chd1P40201 Ipmk-203ENSMUST00000121446 1492 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.26■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Slc37a3-211ENSMUST00000202749 434 ntTSL 5 BASIC36.25■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Gm16286-202ENSMUST00000125127 1683 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.25■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Barx1-201ENSMUST00000021813 1399 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.23■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Ankrd49-205ENSMUST00000216037 1037 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.22■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Fads2-201ENSMUST00000025567 1508 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Eif4ebp1-201ENSMUST00000033880 1997 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.22■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Ube2k-206ENSMUST00000201984 1449 ntTSL 3 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Eif5a-213ENSMUST00000164359 1281 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.21■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Noxo1-201ENSMUST00000019464 2238 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Chd1P40201 B4galt7-202ENSMUST00000100764 2195 ntTSL 1 (best) BASIC36.21■■■■□ 3.39
Chd1P40201 Zfp346-203ENSMUST00000159278 1253 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.2■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Tmpo-205ENSMUST00000105293 1842 ntTSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Fam168b-204ENSMUST00000170092 941 ntTSL 5 BASIC36.19■■■■□ 3.38
Chd1P40201 A230020J21Rik-202ENSMUST00000192407 1649 ntTSL 2 BASIC36.19■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Ech1-201ENSMUST00000066264 1267 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.19■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Pgp-201ENSMUST00000053024 1027 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.18■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Gm26859-201ENSMUST00000181743 1852 ntTSL 5 BASIC36.17■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Galnt12-202ENSMUST00000107744 2077 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Usp2-206ENSMUST00000176416 1486 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Ost4-202ENSMUST00000132253 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Dleu2-201ENSMUST00000180377 1165 ntTSL 1 (best) BASIC36.17■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Cckbr-202ENSMUST00000181339 1326 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Ric1-206ENSMUST00000162184 2157 ntTSL 1 (best) BASIC36.16■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Ythdf1-202ENSMUST00000108876 2272 ntTSL 1 (best) BASIC36.15■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Cyp2r1-202ENSMUST00000119712 917 ntTSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Gm28417-202ENSMUST00000185881 538 ntTSL 3 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Mpnd-208ENSMUST00000159996 1444 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.14■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Gm17494-201ENSMUST00000072769 1800 ntTSL 1 (best) BASIC36.14■■■■□ 3.38
Chd1P40201 Raly-201ENSMUST00000029120 1802 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.13■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Gm42501-201ENSMUST00000200220 1026 ntBASIC36.13■■■■□ 3.37
Chd1P40201 C1qtnf5-203ENSMUST00000114818 1337 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC36.12■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Pdf-201ENSMUST00000055316 1306 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.12■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Clk2-201ENSMUST00000090927 2128 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Ssbp1-203ENSMUST00000117411 933 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.11■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Gm18755-201ENSMUST00000218030 1099 ntBASIC36.11■■■■□ 3.37
Chd1P40201 AC117245.1-201ENSMUST00000215481 566 ntTSL 3 BASIC36.1■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Adprhl2-201ENSMUST00000102617 1672 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.1■■■■□ 3.37
Chd1P40201 March5-202ENSMUST00000112391 1293 ntTSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.09■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Bex1-201ENSMUST00000058125 866 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Copz2-201ENSMUST00000018816 930 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.08■■■■□ 3.37
Chd1P40201 Serp2-204ENSMUST00000228055 705 ntBASIC36.06■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Eif5a-210ENSMUST00000108613 1343 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Kctd6-201ENSMUST00000022272 1650 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.06■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Tmem196-202ENSMUST00000183694 845 ntTSL 3 BASIC36.05■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.05■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Rundc3a-201ENSMUST00000006750 2046 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Tlx2-201ENSMUST00000089641 1236 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.04■■■■□ 3.36
Chd1P40201 C1qtnf5-204ENSMUST00000114821 1365 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC36.04■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Rundc3b-202ENSMUST00000115378 1891 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC36.04■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Fn1-208ENSMUST00000186940 1350 ntTSL 1 (best) BASIC36.02■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Gsc2-201ENSMUST00000012279 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC36.01■■■■□ 3.36
Chd1P40201 Gm35161-201ENSMUST00000221765 941 ntTSL 5 BASIC36■■■■□ 3.35
Chd1P40201 D730045B01Rik-202ENSMUST00000186838 1543 ntTSL 1 (best) BASIC36■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Btg3-201ENSMUST00000023570 1414 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Dusp15-202ENSMUST00000109811 753 ntTSL 1 (best) BASIC35.99■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Nkain1-201ENSMUST00000105993 1202 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Tfpt-204ENSMUST00000155592 1091 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Socs1-201ENSMUST00000038099 1220 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Chd1P40201 E2f5-201ENSMUST00000029069 1779 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC35.98■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Naxd-202ENSMUST00000177955 1307 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Pfdn2-202ENSMUST00000135941 1735 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.97■■■■□ 3.35
Chd1P40201 4930524J08Rik-201ENSMUST00000046721 603 ntAPPRIS P1 BASIC35.97■■■■□ 3.35
Chd1P40201 E130218I03Rik-208ENSMUST00000144222 1729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.96■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Ppp1r3e-202ENSMUST00000177403 1957 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.95■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Snrpb-201ENSMUST00000103199 1161 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.35
Chd1P40201 Tmem55b-209ENSMUST00000162957 1465 ntTSL 1 (best) BASIC35.95■■■■□ 3.34
Chd1P40201 Pate2-201ENSMUST00000098906 1690 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC35.94■■■■□ 3.34
Chd1P40201 Usf1-210ENSMUST00000167546 1822 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC35.94■■■■□ 3.34
Chd1P40201 1700065D16Rik-202ENSMUST00000188975 506 ntTSL 3 BASIC35.94■■■■□ 3.34
Chd1P40201 Mpnd-209ENSMUST00000162883 1400 ntTSL 5 BASIC35.93■■■■□ 3.34
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 19.6 ms