Protein–RNA interactions for Protein: P18858

LIG1, DNA ligase 1, humanhuman

Predictions only

Length 919 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
LIG1P18858 AC009690.3-201ENST00000569547 1902 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIG1P18858 MAD2L2-207ENST00000376692 1118 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIG1P18858 AC096888.1-201ENST00000487097 565 ntTSL 4 BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIG1P18858 TAZ-205ENST00000475699 1862 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIG1P18858 FAM189B-210ENST00000621094 1335 ntTSL 1 (best) BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIG1P18858 GPR150-201ENST00000380007 2065 ntAPPRIS P1 BASIC28.65■■■□□ 2.18
LIG1P18858 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG1P18858 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG1P18858 LAPTM4B-203ENST00000521545 915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG1P18858 FLT1-202ENST00000539099 1911 ntTSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG1P18858 ST6GALNAC6-204ENST00000373144 2406 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC28.64■■■□□ 2.18
LIG1P18858 DHFR-203ENST00000505337 1719 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIG1P18858 PTPA-202ENST00000347048 1989 ntTSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIG1P18858 PLEKHJ1-201ENST00000326631 1206 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIG1P18858 NELFB-201ENST00000343053 2698 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.63■■■□□ 2.17
LIG1P18858 NXPH4-201ENST00000349394 1804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG1P18858 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG1P18858 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG1P18858 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG1P18858 CAPN10-204ENST00000354082 1999 ntTSL 1 (best) BASIC28.62■■■□□ 2.17
LIG1P18858 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG1P18858 HS3ST6-201ENST00000454677 1273 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG1P18858 MTMR1-214ENST00000542156 1227 ntTSL 1 (best) BASIC28.61■■■□□ 2.17
LIG1P18858 EBF4-210ENST00000609451 2012 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIG1P18858 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIG1P18858 U2AF2-206ENST00000590551 1104 ntTSL 3 BASIC28.6■■■□□ 2.17
LIG1P18858 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG1P18858 PCSK6-216ENST00000615296 2921 ntTSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG1P18858 CFAP73-201ENST00000335621 1514 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.59■■■□□ 2.17
LIG1P18858 ANKRD53-203ENST00000441349 1797 ntTSL 5 BASIC28.58■■■□□ 2.17
LIG1P18858 TTBK2-207ENST00000567840 1961 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG1P18858 FAM220A-206ENST00000616824 2211 ntTSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG1P18858 TSEN34-204ENST00000429671 1912 ntTSL 2 BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG1P18858 SLC15A3-201ENST00000227880 2115 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.57■■■□□ 2.16
LIG1P18858 SH3GL1-201ENST00000269886 2516 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIG1P18858 VSIG8-201ENST00000368100 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.56■■■□□ 2.16
LIG1P18858 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG1P18858 LINC00273-201ENST00000539813 1452 ntBASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG1P18858 TIGD3-201ENST00000309880 2012 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.55■■■□□ 2.16
LIG1P18858 P2RY2-202ENST00000393596 2174 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.54■■■□□ 2.16
LIG1P18858 CALM3-209ENST00000597743 577 ntTSL 4 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG1P18858 GATA4-209ENST00000622443 1982 ntTSL 5 BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG1P18858 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG1P18858 GKAP1-202ENST00000376365 1511 ntTSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG1P18858 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.53■■■□□ 2.16
LIG1P18858 ADAT3-201ENST00000329478 1620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIG1P18858 DDN-AS1-203ENST00000552284 934 ntTSL 3 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIG1P18858 KLF3-AS1-202ENST00000440181 2368 ntTSL 2 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIG1P18858 ANKS3-203ENST00000450067 2272 ntTSL 5 BASIC28.52■■■□□ 2.16
LIG1P18858 MEN1-204ENST00000377313 1871 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG1P18858 AC187653.1-201ENST00000506382 702 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG1P18858 ACSS1-202ENST00000376726 2244 ntTSL 2 BASIC28.51■■■□□ 2.15
LIG1P18858 ZBTB10-204ENST00000455036 5458 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIG1P18858 AC004837.3-201ENST00000420748 565 ntTSL 4 BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIG1P18858 CNNM2-201ENST00000369875 2059 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIG1P18858 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC28.5■■■□□ 2.15
LIG1P18858 MAZ-202ENST00000322945 2532 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG1P18858 EMID1-202ENST00000404755 2049 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG1P18858 TCAM1P-201ENST00000463377 452 ntTSL 3 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG1P18858 MBOAT7-201ENST00000245615 2529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG1P18858 MAGI2-211ENST00000535697 6146 ntTSL 5 BASIC28.49■■■□□ 2.15
LIG1P18858 PPP1R14C-201ENST00000361131 2152 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG1P18858 LINC01971-201ENST00000617888 1048 ntBASIC28.48■■■□□ 2.15
LIG1P18858 TMEM251-202ENST00000415050 1303 ntTSL 2 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG1P18858 RNF166-209ENST00000567844 633 ntTSL 5 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG1P18858 LINC02323-201ENST00000559946 1603 ntTSL 3 BASIC28.47■■■□□ 2.15
LIG1P18858 C19orf47-202ENST00000392035 2126 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG1P18858 DUX4L11-201ENST00000611504 1267 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG1P18858 DUX4L12-201ENST00000614593 1267 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG1P18858 DUX4L14-201ENST00000621227 1267 ntBASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG1P18858 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG1P18858 MORF4L1-202ENST00000379535 2274 ntTSL 2 BASIC28.46■■■□□ 2.15
LIG1P18858 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIG1P18858 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIG1P18858 RHBDD2-202ENST00000318622 1878 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.15
LIG1P18858 H2AFV-204ENST00000350771 687 ntTSL 2 BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIG1P18858 AC013394.1-201ENST00000629685 808 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIG1P18858 PPM1B-202ENST00000345249 1713 ntTSL 1 (best) BASIC28.45■■■□□ 2.14
LIG1P18858 ADGRB2-204ENST00000398542 5176 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG1P18858 LYPLA1-215ENST00000618914 2482 ntTSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG1P18858 CSNK1E-203ENST00000396832 2791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG1P18858 RFFL-206ENST00000447669 2030 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG1P18858 C5orf66-AS1-201ENST00000507035 843 ntTSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG1P18858 BTBD6-204ENST00000463376 2195 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.44■■■□□ 2.14
LIG1P18858 FOXA3-201ENST00000302177 1989 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIG1P18858 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.43■■■□□ 2.14
LIG1P18858 CDC16-211ENST00000628084 2058 ntTSL 5 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG1P18858 LINC00588-201ENST00000521663 1875 ntTSL 2 BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG1P18858 AP000251.1-201ENST00000433071 822 ntTSL 1 (best) BASIC28.42■■■□□ 2.14
LIG1P18858 KLC1-203ENST00000347839 2271 ntTSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG1P18858 HNRNPL-201ENST00000221419 2471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG1P18858 CAPNS1-215ENST00000628018 1509 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.41■■■□□ 2.14
LIG1P18858 SNX5-201ENST00000377759 2270 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG1P18858 AC145676.1-201ENST00000514988 2004 ntBASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG1P18858 EIF5A-202ENST00000336458 1511 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG1P18858 ALG2-203ENST00000476832 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.4■■■□□ 2.14
LIG1P18858 CCND3-202ENST00000372988 2133 ntTSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG1P18858 EBPL-201ENST00000242827 914 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG1P18858 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.39■■■□□ 2.14
LIG1P18858 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.39■■■□□ 2.14
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 53.8 ms