Protein–RNA interactions for Protein: A6NMZ7

COL6A6, Collagen alpha-6(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 2,263 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A6A6NMZ7 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC23.04■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 TMEM170A-202ENST00000561878 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 AC009163.4-201ENST00000567194 530 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 LRMDA-215ENST00000611255 1040 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 PSMG4-206ENST00000438998 838 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 AC093536.1-201ENST00000569153 554 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 MIR6765-201ENST00000614092 87 ntBASIC23.03■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 SPCS2P3-201ENST00000500401 656 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 AC008406.3-201ENST00000620001 1374 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 MAPK8IP1P1-201ENST00000574657 1439 ntBASIC23.02■■□□□ 1.28
COL6A6A6NMZ7 HOXB3-210ENST00000489475 1845 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 UBAC1-201ENST00000371756 1867 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 CHST12-204ENST00000618655 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 TMEM165-204ENST00000506198 828 ntTSL 2 BASIC23.01■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 MLST8-203ENST00000397124 1691 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 SH3GLB2-201ENST00000372554 1985 ntTSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 GATA6-202ENST00000581694 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 PKIG-205ENST00000372891 1443 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 AL160276.1-201ENST00000636672 1312 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC23■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 PRTG-204ENST00000561292 833 ntTSL 3 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 EIF4EBP1-201ENST00000338825 1020 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC22.99■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 DNAJC4-202ENST00000321685 1288 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 DNAJC4-212ENST00000628077 938 ntTSL 5 BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 MSRB2-201ENST00000376510 1803 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 MIR638-201ENST00000385237 100 ntBASIC22.98■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 MDK-206ENST00000407067 1026 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 ZNF419-210ENST00000520540 568 ntTSL 4 BASIC22.97■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 OLFM2-201ENST00000264833 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 AC138647.1-201ENST00000427937 648 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.96■■□□□ 1.27
COL6A6A6NMZ7 RASSF7-202ENST00000397583 1928 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 TSPY4-202ENST00000426950 1179 ntAPPRIS P5 TSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC22.95■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 RBM42-205ENST00000589871 1487 ntTSL 5 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 CCND3-205ENST00000415497 1843 ntTSL 2 BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.94■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 FAM159A-204ENST00000517870 748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 LAT-217ENST00000630764 610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.93■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 ELK4-201ENST00000289703 2118 ntTSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 SIAH1-203ENST00000394725 2147 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 AL354928.1-201ENST00000438380 617 ntTSL 2 BASIC22.92■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 TMEM120A-214ENST00000493111 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 SOCS2-202ENST00000536696 1065 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 TMEM229A-201ENST00000455783 2108 ntAPPRIS P1 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 GRK6-206ENST00000507633 1660 ntTSL 5 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 LRP11-202ENST00000367368 1042 ntTSL 2 BASIC22.91■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 ANGPTL6-203ENST00000589181 1579 ntTSL 5 BASIC22.9■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 AC239859.2-201ENST00000444165 318 ntBASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 SSX2IP-209ENST00000603677 1149 ntTSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 BCL7B-201ENST00000223368 1975 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.89■■□□□ 1.26
COL6A6A6NMZ7 SSBP3-204ENST00000371320 2077 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC22.88■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 IDNK-201ENST00000376417 511 ntTSL 5 BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 IDNK-202ENST00000376419 692 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC22.87■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 PCMTD2-202ENST00000299468 1049 ntTSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 MRGPRF-AS1-203ENST00000569432 542 ntTSL 4 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 GATA4-207ENST00000532059 1459 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 MSRB1-206ENST00000622125 1363 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC22.86■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 MAPK12-201ENST00000215659 1918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 PEMT-206ENST00000435340 960 ntTSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 COQ2-201ENST00000311461 1464 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 PFDN2-201ENST00000368010 677 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.85■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 NPC2-207ENST00000555619 1035 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 LINC01233-202ENST00000598832 568 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 HOXC-AS1-201ENST00000505700 548 ntTSL 2 BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 MTERF3-201ENST00000287025 1409 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.84■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 LMAN2-208ENST00000515209 1149 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 TK2-216ENST00000564917 1156 ntTSL 3 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 NIT1-201ENST00000368007 1749 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.25
COL6A6A6NMZ7 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 FEZ1-205ENST00000524435 750 ntTSL 2 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 FOXD1-202ENST00000615637 2272 ntAPPRIS P1 BASIC22.83■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 IDNK-203ENST00000405990 629 ntTSL 2 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 HMX1-201ENST00000400677 1895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.82■■□□□ 1.24
COL6A6A6NMZ7 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC22.81■■□□□ 1.24
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 32.9 ms