Protein–RNA interactions for Protein: Q9Y3E7

CHMP3, Charged multivesicular body protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 222 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CHMP3Q9Y3E7 RALY-201ENST00000246194 1789 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 PQLC1-202ENST00000357575 2475 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.53■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 AC139426.1-201ENST00000568218 2529 ntBASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC31.52■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 GGA1-204ENST00000381756 2107 ntTSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.64
CHMP3Q9Y3E7 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.51■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC31.51■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC31.51■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF7-206ENST00000375741 5525 ntTSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 CHST14-202ENST00000559991 1968 ntTSL 5 BASIC31.5■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.49■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 SLC35A1-203ENST00000369557 1653 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC31.48■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-207ENST00000354359 1975 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-210ENST00000371085 1972 ntTSL 1 (best) BASIC31.47■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 SDCCAG3-201ENST00000298537 2314 ntTSL 1 (best) BASIC31.46■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC31.45■■■□□ 2.63
CHMP3Q9Y3E7 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.44■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.44■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 SLC30A10-202ENST00000366926 1915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.43■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 KANSL1L-207ENST00000452086 2334 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 COL13A1-214ENST00000522165 2061 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 CLK2-201ENST00000355560 2120 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC31.42■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC31.41■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.4■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 TMEM187-201ENST00000369982 1880 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.62
CHMP3Q9Y3E7 SNX24-201ENST00000261369 2158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.39■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC31.39■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC31.38■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 DERA-201ENST00000428559 1705 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.37■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC31.36■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 GNAS-211ENST00000371095 1931 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC31.35■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.34■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 ARHGEF7-205ENST00000375739 5375 ntTSL 1 (best) BASIC31.33■■■□□ 2.61
CHMP3Q9Y3E7 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 SLC12A2-202ENST00000343225 5509 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 KCNG2-201ENST00000316249 1401 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC31.32■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 SLC25A23-203ENST00000334510 1424 ntTSL 1 (best) BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC31.3■■■□□ 2.6
CHMP3Q9Y3E7 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC31.29■■■□□ 2.6
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 23.7 ms