Protein–RNA interactions for Protein: Q9ULL8

SHROOM4, Protein Shroom4, humanhuman

Predictions only

Length 1,493 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
SHROOM4Q9ULL8 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.46■■■■■ 5.35
SHROOM4Q9ULL8 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.46■■■■■ 5.35
SHROOM4Q9ULL8 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC48.46■■■■■ 5.35
SHROOM4Q9ULL8 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC48.45■■■■■ 5.35
SHROOM4Q9ULL8 RASL10A-202ENST00000401450 1720 ntTSL 2 BASIC48.45■■■■■ 5.35
SHROOM4Q9ULL8 PYY2-202ENST00000441253 1076 ntTSL 1 (best) BASIC48.43■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 TPRG1L-202ENST00000378344 2414 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.43■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC48.42■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC48.42■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.42■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 AL121899.1-202ENST00000411839 536 ntTSL 5 BASIC48.42■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC48.42■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC48.42■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 INPP4A-203ENST00000409463 1565 ntTSL 1 (best) BASIC48.41■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC48.4■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC48.4■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 IFNGR2-201ENST00000290219 2221 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.39■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC48.39■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.39■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 FAHD1-204ENST00000615972 757 ntTSL 5 BASIC48.39■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.39■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.38■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 COL13A1-210ENST00000517713 2007 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC48.38■■■■■ 5.34
SHROOM4Q9ULL8 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.37■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC48.37■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC48.37■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC48.36■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC48.35■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 EID2-201ENST00000390658 1629 ntAPPRIS P1 BASIC48.35■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 OXLD1-201ENST00000374741 620 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.35■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC48.33■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 MKRN1-202ENST00000443720 1601 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.32■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.32■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC48.32■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 SLC16A8-201ENST00000320521 1878 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.32■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.32■■■■■ 5.33
SHROOM4Q9ULL8 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC48.31■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 PRELID2-207ENST00000511435 1894 ntAPPRIS ALT1 TSL 2 BASIC48.31■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.3■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.3■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC48.3■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 IFI30-201ENST00000407280 1134 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.29■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.29■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.29■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 EFNA1-202ENST00000368407 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.29■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC48.28■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC48.28■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC48.27■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 KRTAP5-5-201ENST00000399676 933 ntAPPRIS P1 BASIC48.27■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 MAZ-205ENST00000562337 1574 ntTSL 3 BASIC48.26■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC48.26■■■■■ 5.32
SHROOM4Q9ULL8 ITPKA-201ENST00000260386 1824 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.25■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC48.24■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC48.24■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC48.24■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 SLC35D2-201ENST00000253270 1613 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.24■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC48.24■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.24■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 TXNRD2-204ENST00000400521 2115 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC48.23■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC48.23■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC48.23■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 TSPAN33-201ENST00000486685 1863 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.23■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 C9orf147-202ENST00000457681 561 ntTSL 2 BASIC48.23■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC48.23■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 SEPT3-203ENST00000396426 2586 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC48.22■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.21■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.21■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.2■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC48.2■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC48.2■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC48.2■■■■■ 5.31
SHROOM4Q9ULL8 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.18■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 AC009511.2-201ENST00000545904 679 ntTSL 2 BASIC48.17■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.17■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.16■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.15■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC48.15■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC48.14■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 MEST-211ENST00000437945 1455 ntTSL 5 BASIC48.13■■■■■ 5.3
SHROOM4Q9ULL8 ST7-208ENST00000393451 2110 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.13■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC48.11■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC48.11■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.11■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 LY6H-201ENST00000342752 951 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.1■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 LY6H-202ENST00000414417 1056 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.1■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 LY6H-203ENST00000430474 925 ntAPPRIS P3 TSL 3 BASIC48.1■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC48.1■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC48.09■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.09■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC48.09■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC48.09■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 TNFRSF25-204ENST00000356876 1625 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC48.09■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.09■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.08■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC48.08■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC48.08■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 TIE1-210ENST00000538015 1140 ntTSL 1 (best) BASIC48.08■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC48.08■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC48.08■■■■■ 5.29
SHROOM4Q9ULL8 CIB2-201ENST00000258930 1598 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC48.07■■■■■ 5.29
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 27.9 ms