Protein–RNA interactions for Protein: Q9ERG0

Lima1, LIM domain and actin-binding protein 1, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 753 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Lima1Q9ERG0 Traf3ip1-203ENSMUST00000189341 2257 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.6■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Slc17a7-201ENSMUST00000085374 2915 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Ptx3-201ENSMUST00000029421 1898 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.6■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Gna13-202ENSMUST00000106702 914 ntTSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Phf14-203ENSMUST00000115511 3336 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.59■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Rhou-201ENSMUST00000045487 3371 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.59■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Nxph3-201ENSMUST00000058866 2099 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.58■■□□□ 1.21
Lima1Q9ERG0 Osbpl1a-209ENSMUST00000122175 1203 ntTSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Upf3a-201ENSMUST00000043767 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.57■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Hgh1-201ENSMUST00000023213 1959 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Bckdhb-201ENSMUST00000034801 1472 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Tsen34-203ENSMUST00000108629 1238 ntTSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Uba52-205ENSMUST00000129909 705 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ppp1r14b-201ENSMUST00000070850 919 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Msl2-202ENSMUST00000189616 2612 ntTSL 5 BASIC22.56■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Arhgef25-205ENSMUST00000218654 2475 ntTSL 5 BASIC22.55■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ttc9-201ENSMUST00000036116 2042 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Vkorc1l1-201ENSMUST00000051758 3112 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Pex10-201ENSMUST00000103180 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Stard3nl-201ENSMUST00000039694 1327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.55■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Hoxb9-201ENSMUST00000000010 2574 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Bckdhb-206ENSMUST00000190637 1477 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Onecut3-201ENSMUST00000051773 4776 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Gtf2a2-203ENSMUST00000119413 1034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 A330023F24Rik-201ENSMUST00000181226 955 ntTSL 1 (best) BASIC22.54■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Fance-203ENSMUST00000114803 1980 ntTSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Prph-202ENSMUST00000047104 1865 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.53■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ccdc142-201ENSMUST00000101254 2317 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.53■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Foxk2-201ENSMUST00000106113 5029 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Carm1-201ENSMUST00000034703 3220 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ube2g2-204ENSMUST00000174510 2031 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Ube2e3-201ENSMUST00000028398 2249 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Drd4-201ENSMUST00000026569 2799 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Brf1-201ENSMUST00000011302 2615 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Wwc1-201ENSMUST00000018993 4531 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.52■■□□□ 1.2
Lima1Q9ERG0 Spg7-201ENSMUST00000108868 845 ntTSL 2 BASIC22.51■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Ccdc50-202ENSMUST00000096127 1096 ntTSL 1 (best) BASIC22.51■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Mppe1-201ENSMUST00000073054 2007 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Klc1-201ENSMUST00000084941 2504 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Gm9887-201ENSMUST00000053451 624 ntAPPRIS P1 BASIC22.5■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Phf23-202ENSMUST00000101526 1706 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Kat2b-201ENSMUST00000000724 4653 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.5■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Igfbp3-201ENSMUST00000020702 2421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Cetn4-202ENSMUST00000075537 762 ntTSL 3 BASIC22.49■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Coro1b-201ENSMUST00000008893 1888 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Phactr2-202ENSMUST00000105543 2735 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.49■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Nsun2-208ENSMUST00000176485 2408 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Lsm4-204ENSMUST00000210071 575 ntTSL 5 BASIC22.48■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Mapk15-201ENSMUST00000089669 1929 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.48■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Ltk-205ENSMUST00000140224 2240 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Ltk-206ENSMUST00000182203 2232 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Fbxl14-201ENSMUST00000032094 2963 ntAPPRIS P1 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Terf2-204ENSMUST00000133925 2666 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Terf2-202ENSMUST00000068421 2667 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Aspscr1-202ENSMUST00000103016 1689 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Mid2-201ENSMUST00000112988 2525 ntTSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Neurl4-201ENSMUST00000061837 5188 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 A330041J22Rik-201ENSMUST00000150367 1825 ntTSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Crim1-201ENSMUST00000112498 5995 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Dact1-202ENSMUST00000150639 2448 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC22.47■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Med25-205ENSMUST00000207278 2287 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 AC117232.3-201ENSMUST00000217817 338 ntTSL 2 BASIC22.46■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Spsb3-202ENSMUST00000068508 2004 ntTSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Hmx3-201ENSMUST00000046093 1457 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.46■■□□□ 1.19
Lima1Q9ERG0 Ing1-201ENSMUST00000054399 2814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Frmd5-201ENSMUST00000110592 2222 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Esrra-201ENSMUST00000025906 2242 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Gm30023-201ENSMUST00000197970 889 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Scx-201ENSMUST00000043089 1136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Gm37847-201ENSMUST00000192163 1497 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Gm31748-201ENSMUST00000194938 1497 ntBASIC22.45■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Kmt5a-201ENSMUST00000059580 2739 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Cdc42bpg-201ENSMUST00000025681 5995 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Wnt5b-203ENSMUST00000119369 2339 ntTSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Rpl19-ps4-201ENSMUST00000167150 625 ntBASIC22.44■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 1810049J17Rik-201ENSMUST00000180521 462 ntAPPRIS P1 BASIC22.44■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.44■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Serpinb6a-201ENSMUST00000017188 1504 ntTSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Insm2-201ENSMUST00000051857 2660 ntAPPRIS P1 BASIC22.43■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Gnl1-201ENSMUST00000087200 2848 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.43■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Msl1-203ENSMUST00000107485 2091 ntTSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Bod1-202ENSMUST00000109415 799 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC22.42■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 4932443I19Rik-201ENSMUST00000166277 799 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Usp21-203ENSMUST00000111306 2185 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC22.42■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Nrxn1-213ENSMUST00000172466 2477 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Ppp4c-211ENSMUST00000206570 1400 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Fbxw4-201ENSMUST00000046869 2068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Lrp2-202ENSMUST00000092551 2228 ntTSL 1 (best) BASIC22.41■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Rundc3a-203ENSMUST00000107103 1822 ntTSL 5 BASIC22.41■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Mthfd2l-201ENSMUST00000071652 2159 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Btbd2-202ENSMUST00000126980 2449 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Cops6-202ENSMUST00000110951 1098 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 Endog-201ENSMUST00000015481 1063 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 2810459M11Rik-201ENSMUST00000027429 1225 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Lima1Q9ERG0 AW121686-201ENSMUST00000181049 2200 ntTSL 1 (best) BASIC22.4■■□□□ 1.18
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 62.3 ms