Protein–RNA interactions for Protein: Q9CU62

Smc1a, Structural maintenance of chromosomes protein 1A, mousemouse

Known RBP Predictions only

Length 1,233 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Smc1aQ9CU62 Slc35a3-202ENSMUST00000120120 1791 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Itpka-201ENSMUST00000028758 1818 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.35■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Ctage5-218ENSMUST00000177162 2728 ntTSL 5 BASIC25.34■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Dnajc19-202ENSMUST00000108195 659 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Chpt1-204ENSMUST00000117579 1043 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Msto1-202ENSMUST00000126245 1875 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.34■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 E2f5-202ENSMUST00000165922 1751 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.33■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.65
Smc1aQ9CU62 Homer3-206ENSMUST00000140212 2608 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.33■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Fam204a-201ENSMUST00000065286 2035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Pax1-201ENSMUST00000109968 2643 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Fus-204ENSMUST00000121616 1102 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 2610307P16Rik-205ENSMUST00000148885 1870 ntTSL 1 (best) BASIC25.32■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Ube2j2-205ENSMUST00000105583 1434 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Gm17641-201ENSMUST00000166328 2350 ntBASIC25.31■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Paqr6-203ENSMUST00000147948 837 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Rab26-202ENSMUST00000061764 1291 ntTSL 2 BASIC25.31■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Kcmf1-204ENSMUST00000204598 1743 ntTSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 St6galnac6-203ENSMUST00000095044 2394 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.31■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Tceal3-202ENSMUST00000113100 1148 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 A830010M20Rik-202ENSMUST00000094541 1134 ntTSL 5 BASIC25.3■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Mef2a-203ENSMUST00000076325 2664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.3■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Esyt2-201ENSMUST00000100986 5560 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Fcho2-201ENSMUST00000040340 5122 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Lmo2-202ENSMUST00000111140 1706 ntTSL 1 (best) BASIC25.29■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Pcf11-205ENSMUST00000208255 1720 ntBASIC25.29■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Vegfb-202ENSMUST00000130048 1158 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Gal3st1-202ENSMUST00000078757 1749 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Bcl7b-201ENSMUST00000031692 1758 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.28■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Foxd2-201ENSMUST00000068654 2592 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Gm16764-201ENSMUST00000138891 541 ntTSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 A030005K14Rik-201ENSMUST00000193762 1093 ntAPPRIS P1 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Lrfn1-203ENSMUST00000189877 1852 ntAPPRIS P3 TSL 5 BASIC25.27■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Il17rd-202ENSMUST00000223942 2186 ntBASIC25.27■■□□□ 1.64
Smc1aQ9CU62 Rnf19b-206ENSMUST00000168461 2532 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.26■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Cacfd1-204ENSMUST00000114006 1648 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.26■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Otud5-204ENSMUST00000115667 2708 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.25■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Pdgfb-201ENSMUST00000000500 2918 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Hrk-201ENSMUST00000054836 5382 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.25■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Kif1bp-206ENSMUST00000162525 2311 ntTSL 5 BASIC25.24■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Rcor3-207ENSMUST00000192866 1844 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Hs3st6-201ENSMUST00000044922 1219 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.23■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Gm38287-201ENSMUST00000195193 2051 ntTSL 3 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Sos2-201ENSMUST00000035773 5607 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC25.23■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Izumo4-205ENSMUST00000218184 1196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Dctpp1-201ENSMUST00000035276 676 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.21■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Gjd3-201ENSMUST00000062931 837 ntAPPRIS P1 BASIC25.21■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Efhd2-201ENSMUST00000036854 2381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Kansl1l-202ENSMUST00000113987 2342 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.63
Smc1aQ9CU62 Elf2-203ENSMUST00000108051 2514 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 D16Ertd472e-201ENSMUST00000114218 1271 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Ybx2-205ENSMUST00000149194 1235 ntTSL 5 BASIC25.2■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Dync1i1-203ENSMUST00000115556 2718 ntTSL 1 (best) BASIC25.2■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Hoxb3-202ENSMUST00000093944 3190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 P3h3-201ENSMUST00000023958 2850 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.19■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Dusp5-201ENSMUST00000038287 2473 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Ssbp4-205ENSMUST00000210369 1828 ntTSL 2 BASIC25.19■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Nelfe-202ENSMUST00000165953 1381 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Card19-201ENSMUST00000048946 804 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Cited2-201ENSMUST00000038107 1979 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.18■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Arf6-201ENSMUST00000050063 1534 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Plvap-201ENSMUST00000048452 1987 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Lmo4-201ENSMUST00000120539 1669 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.17■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Habp4-201ENSMUST00000021929 2564 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Pan3-209ENSMUST00000176600 5541 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Pou4f1-201ENSMUST00000053016 4445 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Pcgf5-210ENSMUST00000225411 1626 ntAPPRIS P5 BASIC25.16■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Nek6-202ENSMUST00000112895 1513 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Ltb4r1-201ENSMUST00000057569 1394 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.16■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Mospd3-201ENSMUST00000037620 1456 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Lrrc75a-201ENSMUST00000057194 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.15■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Gm28529-202ENSMUST00000189675 670 ntTSL 2 BASIC25.15■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 6330403L08Rik-202ENSMUST00000187923 5522 ntBASIC25.15■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 1700026D11Rik-201ENSMUST00000126910 2033 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Gm44957-202ENSMUST00000205137 448 ntTSL 3 BASIC25.14■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Rp9-201ENSMUST00000034763 1134 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.62
Smc1aQ9CU62 Spats2-201ENSMUST00000063517 3065 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC25.14■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Arpc5l-202ENSMUST00000112862 1339 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Slc30a2-203ENSMUST00000105873 1224 ntTSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Gemin7-202ENSMUST00000117222 1023 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Kcnip2-208ENSMUST00000161886 693 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.13■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Unc119-203ENSMUST00000108295 1371 ntTSL 3 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Ddx43-201ENSMUST00000113367 2207 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.13■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 AC125444.1-201ENSMUST00000223536 639 ntAPPRIS P1 BASIC25.12■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Ccdc9-201ENSMUST00000041010 2379 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.12■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Elf2-204ENSMUST00000108053 2611 ntTSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Gm26917-201ENSMUST00000182520 869 ntTSL 5 BASIC25.11■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Sh3d21-202ENSMUST00000097891 2384 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Fam212b-202ENSMUST00000098273 1868 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.11■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Ptpn4-203ENSMUST00000163435 2365 ntTSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Cys1-203ENSMUST00000156453 1732 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Krtap17-1-201ENSMUST00000105049 761 ntAPPRIS P1 BASIC25.1■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Crct1-201ENSMUST00000029521 718 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.1■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Hook1-201ENSMUST00000030306 5517 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Tmem143-201ENSMUST00000069772 2297 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Hdac2-201ENSMUST00000019911 2005 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Eva1b-202ENSMUST00000106150 1144 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Smc1aQ9CU62 Eif4e2-204ENSMUST00000113231 1119 ntTSL 1 (best) BASIC25.09■■□□□ 1.61
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 22.4 ms