Protein–RNA interactions for Protein: Q96DZ5

CLIP3, CAP-Gly domain-containing linker protein 3, humanhuman

Predictions only

Length 547 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
CLIP3Q96DZ5 GNPTAB-201ENST00000299314 5701 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 PEX7-203ENST00000541292 945 ntTSL 5 BASIC24.11■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC24.11■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 RRAGC-201ENST00000373001 2732 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.11■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 LSM7-201ENST00000252622 529 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 RBPMS-209ENST00000520161 842 ntTSL 2 BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.1■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 RARRES2P2-201ENST00000394842 485 ntBASIC24.09■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 MDFIC-203ENST00000423503 474 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 KIF13A-207ENST00000502704 1330 ntTSL 1 (best) BASIC24.09■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24.08■■□□□ 1.45
CLIP3Q96DZ5 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC24.07■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 IGFBP2-201ENST00000233809 1439 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.07■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 CCZ1B-215ENST00000626257 2211 ntTSL 2 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 RPRML-201ENST00000322329 1093 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 RNF126P1-201ENST00000567452 1320 ntBASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 ZIC2-201ENST00000376335 2983 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.06■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 ZFAND2B-208ENST00000409594 2021 ntTSL 2 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 ESRRA-201ENST00000000442 2215 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 ST6GALNAC6-203ENST00000373142 2448 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 MEX3D-201ENST00000402693 2850 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC24.05■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.04■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 BCL3-201ENST00000164227 2038 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.03■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC24.03■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC24.03■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 CUEDC1-201ENST00000360238 2193 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC24.02■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 TSR3-201ENST00000007390 1243 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 NGB-201ENST00000298352 1884 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.02■■□□□ 1.44
CLIP3Q96DZ5 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 AC007383.2-202ENST00000435627 482 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 NREP-202ENST00000379671 2581 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24.01■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC24.01■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 TMEM268-201ENST00000288502 2314 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 MATK-201ENST00000310132 2133 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC24■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 KLHL21-203ENST00000463043 667 ntTSL 5 BASIC24■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC24■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 HOXD-AS2-201ENST00000426965 927 ntTSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 TMEM114-202ENST00000568335 899 ntTSL 3 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 AC018755.3-201ENST00000598755 664 ntTSL 2 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.99■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC23.99■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 HOXD13-201ENST00000392539 2240 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 RTN2-201ENST00000245923 2293 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 ABHD17AP5-201ENST00000580133 923 ntBASIC23.98■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.98■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC23.98■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC23.97■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.96■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC23.95■■□□□ 1.43
CLIP3Q96DZ5 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC23.95■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC23.95■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.94■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC23.93■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC23.93■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 SPATA5L1-208ENST00000638607 1863 ntTSL 2 BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC23.92■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 HDGF-210ENST00000537739 2073 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 SSTR4-201ENST00000255008 1427 ntAPPRIS P1 BASIC23.91■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 ANKS1B-203ENST00000341752 2115 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC23.9■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC23.89■■□□□ 1.42
CLIP3Q96DZ5 MTCH1-202ENST00000373627 2057 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLIP3Q96DZ5 ARMC10-205ENST00000428183 2445 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLIP3Q96DZ5 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLIP3Q96DZ5 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLIP3Q96DZ5 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC23.88■■□□□ 1.41
CLIP3Q96DZ5 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC23.88■■□□□ 1.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 13.7 ms