Protein–RNA interactions for Protein: Q5VIR6

VPS53, Vacuolar protein sorting-associated protein 53 homolog, humanhuman

Predictions only

Length 699 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
VPS53Q5VIR6 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC30.4■■■□□ 2.46
VPS53Q5VIR6 HOMER2-202ENST00000450735 1950 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
VPS53Q5VIR6 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC30.39■■■□□ 2.46
VPS53Q5VIR6 MFSD12-202ENST00000389395 2039 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
VPS53Q5VIR6 RP9-201ENST00000297157 1121 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.46
VPS53Q5VIR6 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.39■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 AURKAIP1-203ENST00000338370 1072 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.38■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 C9orf40-201ENST00000376854 2327 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.38■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 C11orf80-218ENST00000540737 1786 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.37■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 U2AF1-203ENST00000398137 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC30.37■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 U2AF1L5-212ENST00000639996 1019 ntTSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 HOXB3-201ENST00000311626 2642 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.37■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 TCFL5-201ENST00000217162 2453 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 TCFL5-202ENST00000335351 2456 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC30.36■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 FAH-213ENST00000561421 1549 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.36■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 SCCPDH-201ENST00000366510 2503 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 C16orf95-205ENST00000567970 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.35■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 DHRS13-202ENST00000394901 2037 ntTSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.35■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 GSX1-201ENST00000302945 1663 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 CCND3-203ENST00000372991 2085 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 HTR6-201ENST00000289753 1984 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.34■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 TBCC-201ENST00000372876 1616 ntAPPRIS P1 BASIC30.33■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 CTXN1-201ENST00000318978 1274 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.33■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.45
VPS53Q5VIR6 TSPAN3-203ENST00000424443 1530 ntTSL 2 BASIC30.32■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC30.32■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC30.32■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 PICK1-201ENST00000356976 2055 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.31■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC30.3■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC30.3■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 SV2B-203ENST00000545111 2099 ntTSL 2 BASIC30.28■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC30.28■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC30.28■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 CCDC61-204ENST00000595358 1817 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 TMEM55B-201ENST00000250489 1961 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 IGFBPL1-201ENST00000377694 1093 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 AC092902.2-221ENST00000628476 965 ntTSL 5 BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 HAND2-201ENST00000359562 2780 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC30.27■■■□□ 2.44
VPS53Q5VIR6 MIR639-201ENST00000384974 98 ntBASIC30.26■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 POLR3H-201ENST00000337566 1330 ntTSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 RHEB-201ENST00000262187 2075 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.25■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 NPDC1-201ENST00000371600 2187 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC30.24■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 TNIP2-201ENST00000315423 1974 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.24■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC30.23■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 TSPAN4-207ENST00000397411 1025 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.23■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 CTBP1-201ENST00000290921 2297 ntTSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.22■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 MBD2-201ENST00000256429 5188 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.22■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 SENP3-201ENST00000321337 2611 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 SURF1-201ENST00000371974 1093 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.21■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC30.21■■■□□ 2.43
VPS53Q5VIR6 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.2■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.19■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC30.19■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC30.19■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC30.19■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC30.18■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.18■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC30.18■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC30.17■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 IHH-201ENST00000295731 2023 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.17■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 THRA-204ENST00000546243 1909 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC30.16■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC30.16■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 ROM1-201ENST00000278833 1878 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC30.16■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.15■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 AL121749.1-202ENST00000609313 2153 ntBASIC30.15■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC30.15■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 NPB-202ENST00000573081 2154 ntAPPRIS ALT2 BASIC30.14■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 AC008813.1-201ENST00000536597 885 ntBASIC30.14■■■□□ 2.42
VPS53Q5VIR6 PSMG1-201ENST00000331573 2154 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.14■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC30.13■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC30.13■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 CADPS-215ENST00000490353 2669 ntTSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC30.13■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC30.13■■■□□ 2.41
VPS53Q5VIR6 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC30.12■■■□□ 2.41
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 46.1 ms