Protein–RNA interactions for Protein: Q5SNZ0

Ccdc88a, Girdin, mousemouse

Predictions only

Length 1,873 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (Experimental data)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
Ccdc88aQ5SNZ0 Rarres1-201ENSMUST00000054825 1325 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88aQ5SNZ0 Siva1-201ENSMUST00000021728 924 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88aQ5SNZ0 Tmem240-202ENSMUST00000147721 817 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
Ccdc88aQ5SNZ0 Krtap28-10-201ENSMUST00000188323 957 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Pgls-201ENSMUST00000034264 893 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Cbr3-201ENSMUST00000039620 1170 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Thra-202ENSMUST00000103139 2246 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm9888-201ENSMUST00000150678 965 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Reep6-202ENSMUST00000105354 2208 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Reep6-205ENSMUST00000105358 2208 ntTSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 En1-201ENSMUST00000079721 2624 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Hnrnpk-210ENSMUST00000176558 1053 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Ccdc136-206ENSMUST00000145310 1703 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Rab40c-209ENSMUST00000179998 2456 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Preb-209ENSMUST00000202567 1869 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Dnttip1-201ENSMUST00000017443 1664 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.96■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Vdac1-202ENSMUST00000102758 2022 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Hoxb3os-202ENSMUST00000147410 1945 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
Ccdc88aQ5SNZ0 Mir3960-201ENSMUST00000198213 73 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm14121-201ENSMUST00000121441 1380 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Cbln1-201ENSMUST00000034076 2800 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Mbd3-203ENSMUST00000105348 1222 ntTSL 5 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Frat2-201ENSMUST00000059231 2161 ntAPPRIS P1 BASIC26.93■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Cox11-201ENSMUST00000020851 1224 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Srcap-211ENSMUST00000189136 1960 ntTSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Phf23-201ENSMUST00000018716 2006 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.92■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Emid1-201ENSMUST00000062821 1947 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.91■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Cutc-201ENSMUST00000026199 1298 ntTSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Hmox2-202ENSMUST00000118885 1392 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.9■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Dleu7-201ENSMUST00000063169 1314 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.89■■□□□ 1.9
Ccdc88aQ5SNZ0 Kcnmb4os2-203ENSMUST00000127070 1048 ntTSL 2 BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Paqr3-202ENSMUST00000112968 1875 ntTSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Nrep-202ENSMUST00000168890 2185 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Lemd2-201ENSMUST00000055117 2595 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.88■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 AC154454.1-201ENSMUST00000225253 216 ntBASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Mlf2-202ENSMUST00000180095 1475 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Zfp703-201ENSMUST00000127097 587 ntTSL 2 BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Bri3-201ENSMUST00000056578 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.87■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Ints11-202ENSMUST00000120794 1884 ntTSL 5 BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Cpsf4-205ENSMUST00000160629 1713 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.85■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 B3gat1-201ENSMUST00000115269 1665 ntTSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Hdac3-201ENSMUST00000043498 2004 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Pde6d-201ENSMUST00000027444 1159 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Pcsk1n-201ENSMUST00000041096 2193 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.84■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Nt5c3-201ENSMUST00000031793 1676 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Nudt6-204ENSMUST00000108118 935 ntTSL 5 BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Nudt6-201ENSMUST00000052645 1155 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Nudt6-202ENSMUST00000099130 1070 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Hook1-202ENSMUST00000107083 1506 ntTSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.89
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm10420-201ENSMUST00000121713 882 ntBASIC26.83■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Nnat-208ENSMUST00000173595 927 ntTSL 2 BASIC26.83■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Trappc6b-201ENSMUST00000021380 1255 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.83■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm5921-201ENSMUST00000075898 882 ntBASIC26.83■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Azin2-202ENSMUST00000106068 2049 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Hopx-203ENSMUST00000120827 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Mnx1-201ENSMUST00000001608 2018 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.82■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm14523-201ENSMUST00000117260 558 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 AC122317.2-201ENSMUST00000218708 1248 ntBASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Suv39h2-202ENSMUST00000060618 1831 ntTSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Nsmce4a-202ENSMUST00000160289 1435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.81■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 E2f6-201ENSMUST00000020908 2418 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.8■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Shox2-204ENSMUST00000162439 1081 ntTSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm20532-201ENSMUST00000174066 780 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Bag2-201ENSMUST00000044691 1860 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Arl8a-201ENSMUST00000027684 1713 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 2510046G10Rik-202ENSMUST00000187458 1052 ntBASIC26.79■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Ctbp1-211ENSMUST00000202868 2436 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Suds3-201ENSMUST00000086471 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 B230322F03Rik-201ENSMUST00000181932 1569 ntBASIC26.78■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Neurl1b-202ENSMUST00000182897 1231 ntTSL 5 BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 4931440P22Rik-201ENSMUST00000099076 1786 ntTSL 1 (best) BASIC26.77■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm20512-201ENSMUST00000172483 618 ntTSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 Nkx2-4-201ENSMUST00000067020 1725 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.88
Ccdc88aQ5SNZ0 5031425E22Rik-201ENSMUST00000101522 2110 ntBASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Fus-201ENSMUST00000077609 1831 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.76■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Nudc-201ENSMUST00000030665 1316 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Cpe-201ENSMUST00000048967 2117 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.75■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm13256-201ENSMUST00000131297 520 ntTSL 3 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Rab4a-202ENSMUST00000118535 1419 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm5067-201ENSMUST00000170449 1009 ntBASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Pde8b-204ENSMUST00000159608 2370 ntTSL 5 BASIC26.74■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 AC151971.4-201ENSMUST00000214717 704 ntBASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Htra4-201ENSMUST00000084031 2180 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.73■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 A230005M16Rik-201ENSMUST00000137661 1605 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Azin2-203ENSMUST00000119354 1921 ntTSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Kcna7-201ENSMUST00000107774 2182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.72■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Lor-201ENSMUST00000058150 1779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm12818-201ENSMUST00000117562 1349 ntBASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Gmeb1-202ENSMUST00000105964 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Mpp6-209ENSMUST00000204545 2418 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.71■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Sft2d1-210ENSMUST00000154553 1049 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 AC122428.3-201ENSMUST00000215551 2290 ntBASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Kiss1-201ENSMUST00000007433 779 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Dusp22-201ENSMUST00000091672 1161 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.87
Ccdc88aQ5SNZ0 Sh3gl3-201ENSMUST00000032874 1647 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.7■■□□□ 1.86
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm26536-201ENSMUST00000181072 1196 ntTSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88aQ5SNZ0 Arpc2-201ENSMUST00000006467 1404 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.69■■□□□ 1.86
Ccdc88aQ5SNZ0 Pdlim4-201ENSMUST00000018755 1182 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc88aQ5SNZ0 Efna2-201ENSMUST00000003154 2131 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.68■■□□□ 1.86
Ccdc88aQ5SNZ0 Gm13889-201ENSMUST00000099689 1386 ntBASIC26.68■■□□□ 1.86
Retrieved 100 of 76,532 protein–RNA pairs in 29.3 ms