Protein–RNA interactions for Protein: Q13107

USP4, Ubiquitin carboxyl-terminal hydrolase 4, humanhuman

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Length 963 aa.

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Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
USP4Q13107 SP8-201ENST00000361443 1714 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP4Q13107 CERS2-205ENST00000368954 2505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP4Q13107 TMEM150A-202ENST00000334462 1518 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.38■■□□□ 1.81
USP4Q13107 ATOH7-201ENST00000373673 1480 ntAPPRIS P1 BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP4Q13107 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP4Q13107 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.37■■□□□ 1.81
USP4Q13107 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC26.36■■□□□ 1.81
USP4Q13107 SECTM1-201ENST00000269389 2235 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP4Q13107 FEZ1-201ENST00000278919 1748 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP4Q13107 PDPK1-203ENST00000389224 2416 ntTSL 2 BASIC26.36■■□□□ 1.81
USP4Q13107 RTN4R-201ENST00000043402 2157 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP4Q13107 WDSUB1-205ENST00000409990 1920 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP4Q13107 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP4Q13107 RPUSD1-208ENST00000567114 1835 ntTSL 2 BASIC26.35■■□□□ 1.81
USP4Q13107 SSBP3-202ENST00000357475 1533 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP4Q13107 MAPK3-205ENST00000395202 1008 ntTSL 1 (best) BASIC26.34■■□□□ 1.81
USP4Q13107 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
USP4Q13107 HES4-202ENST00000428771 1040 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP4Q13107 AC060814.1-201ENST00000554326 538 ntBASIC26.33■■□□□ 1.81
USP4Q13107 MDFIC-208ENST00000614186 1068 ntTSL 1 (best) BASIC26.33■■□□□ 1.81
USP4Q13107 AC027237.3-202ENST00000558617 1778 ntTSL 2 BASIC26.33■■□□□ 1.8
USP4Q13107 PMS1-220ENST00000618056 1468 ntTSL 5 BASIC26.32■■□□□ 1.8
USP4Q13107 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP4Q13107 GADD45A-205ENST00000617962 1142 ntTSL 1 (best) BASIC26.31■■□□□ 1.8
USP4Q13107 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP4Q13107 AGFG1-205ENST00000409979 2089 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP4Q13107 CTSZ-201ENST00000217131 1495 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.3■■□□□ 1.8
USP4Q13107 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP4Q13107 ELOC-207ENST00000522337 816 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP4Q13107 RAD51-210ENST00000557850 1397 ntTSL 2 BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP4Q13107 PKDCC-201ENST00000294964 2502 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP4Q13107 ATF4-201ENST00000337304 2019 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP4Q13107 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.29■■□□□ 1.8
USP4Q13107 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.28■■□□□ 1.8
USP4Q13107 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC26.27■■□□□ 1.8
USP4Q13107 HOXB3-212ENST00000498678 2196 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP4Q13107 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP4Q13107 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP4Q13107 TTC39C-209ENST00000584250 1048 ntTSL 1 (best) BASIC26.26■■□□□ 1.79
USP4Q13107 LDLRAD4-218ENST00000592991 1640 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP4Q13107 ARPC5L-202ENST00000353214 2507 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP4Q13107 PXMP2-201ENST00000317479 957 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP4Q13107 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP4Q13107 C16orf95-206ENST00000618367 974 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP4Q13107 ITGA9-203ENST00000422441 2282 ntTSL 1 (best) BASIC26.25■■□□□ 1.79
USP4Q13107 TBX2-AS1-202ENST00000589814 539 ntTSL 3 BASIC26.24■■□□□ 1.79
USP4Q13107 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP4Q13107 PHF20L1-207ENST00000395379 1998 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP4Q13107 KCTD5-202ENST00000564195 774 ntTSL 5 BASIC26.22■■□□□ 1.79
USP4Q13107 AC100797.4-201ENST00000631653 1827 ntBASIC26.22■■□□□ 1.79
USP4Q13107 FKBP1A-205ENST00000439640 1583 ntTSL 3 BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP4Q13107 NPW-202ENST00000566435 991 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP4Q13107 AC092296.2-201ENST00000589470 999 ntBASIC26.21■■□□□ 1.79
USP4Q13107 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.21■■□□□ 1.79
USP4Q13107 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.79
USP4Q13107 IL17D-201ENST00000304920 1861 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP4Q13107 ARHGAP22-202ENST00000374170 2107 ntTSL 5 BASIC26.2■■□□□ 1.78
USP4Q13107 DCUN1D5-201ENST00000260247 1337 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP4Q13107 TNFRSF4-201ENST00000379236 1068 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP4Q13107 NTF6A-201ENST00000591175 560 ntBASIC26.19■■□□□ 1.78
USP4Q13107 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP4Q13107 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP4Q13107 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.19■■□□□ 1.78
USP4Q13107 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP4Q13107 BCAP31-201ENST00000345046 1589 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP4Q13107 MCCD1-201ENST00000376191 955 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.17■■□□□ 1.78
USP4Q13107 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 FGF13-AS1-202ENST00000446383 584 ntTSL 3 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 PTCH1-210ENST00000468211 1254 ntTSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 LIME1-206ENST00000487026 805 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 UPF3A-209ENST00000492270 494 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC26.16■■□□□ 1.78
USP4Q13107 FAM117A-201ENST00000240364 2365 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP4Q13107 WDR86-204ENST00000477459 1428 ntTSL 2 BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP4Q13107 PLPPR3-201ENST00000359894 2387 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.15■■□□□ 1.78
USP4Q13107 FOXQ1-201ENST00000296839 2309 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP4Q13107 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP4Q13107 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP4Q13107 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC26.14■■□□□ 1.78
USP4Q13107 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.78
USP4Q13107 COL13A1-203ENST00000398969 2267 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP4Q13107 SOD3-201ENST00000382120 1526 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.14■■□□□ 1.77
USP4Q13107 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP4Q13107 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC26.13■■□□□ 1.77
USP4Q13107 CDKN3-202ENST00000335183 893 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP4Q13107 ENDOG-201ENST00000372642 1172 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP4Q13107 AC005540.1-201ENST00000413911 919 ntTSL 3 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP4Q13107 CDKN3-211ENST00000611205 874 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP4Q13107 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC26.12■■□□□ 1.77
USP4Q13107 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
USP4Q13107 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC26.11■■□□□ 1.77
USP4Q13107 PLEKHJ1-204ENST00000586608 935 ntTSL 3 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP4Q13107 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP4Q13107 FEV-201ENST00000295727 1879 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.11■■□□□ 1.77
USP4Q13107 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC26.1■■□□□ 1.77
USP4Q13107 PXMP2-205ENST00000543589 632 ntTSL 3 BASIC26.1■■□□□ 1.77
USP4Q13107 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC26.09■■□□□ 1.77
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