Protein–RNA interactions for Protein: P53420

COL4A4, Collagen alpha-4(IV) chain, humanhuman

Predicted RBP Predictions only

Length 1,690 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL4A4P53420 AGAP3-216ENST00000479901 1881 ntTSL 5 BASIC27.38■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 CMPK2-203ENST00000458098 1224 ntTSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 AC127502.1-201ENST00000399971 1502 ntBASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 C16orf59-202ENST00000483320 1709 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.37■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 TNFRSF12A-201ENST00000326577 1033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 BCL7C-201ENST00000215115 1740 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 UBE2I-213ENST00000566587 1098 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.36■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 PHOX2A-201ENST00000298231 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 TAZ-201ENST00000369776 1596 ntTSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 AL035685.1-201ENST00000636663 812 ntBASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 DCDC2C-201ENST00000399143 1476 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.35■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 ATPAF1-202ENST00000371937 1827 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 AC064853.2-201ENST00000641246 144 ntAPPRIS P1 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 ZNF787-203ENST00000610935 1925 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 SHOX2-204ENST00000483851 1866 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.34■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 AC016910.1-201ENST00000422799 1046 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 HNRNPAB-205ENST00000506259 1674 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 FSD1L-208ENST00000495708 1906 ntTSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 OVOL2-201ENST00000278780 1555 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 PROSER2-202ENST00000379200 1232 ntAPPRIS ALT2 BASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 AC129492.7-201ENST00000622992 756 ntBASIC27.33■■□□□ 1.97
COL4A4P53420 C1QTNF8-201ENST00000328449 1627 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 HSPE1-201ENST00000233893 950 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.32■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 TXNL4A-208ENST00000588162 752 ntTSL 2 BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 SLC15A4-201ENST00000266771 2779 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 TM6SF1-202ENST00000322019 2074 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.31■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 OPRD1-202ENST00000621425 1217 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 DCBLD1-201ENST00000296955 1979 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 IRX1-201ENST00000302006 1858 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 ZNF513-201ENST00000323703 2139 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 AL592293.1-201ENST00000502889 1188 ntBASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 ATXN3-252ENST00000620536 1044 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 ATXN3-253ENST00000621269 936 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 CCDC88C-205ENST00000553403 1651 ntTSL 1 (best) BASIC27.3■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 ECEL1P2-201ENST00000461596 1295 ntBASIC27.29■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 ERFE-207ENST00000546354 1065 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 GPR137-202ENST00000377702 1478 ntTSL 1 (best) BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 AC090241.2-201ENST00000602329 432 ntTSL 4 BASIC27.27■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 GLTP-201ENST00000318348 2356 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.96
COL4A4P53420 C17orf49-201ENST00000439424 850 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 TBX2-AS1-203ENST00000590421 861 ntTSL 2 BASIC27.26■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 RSPO4-202ENST00000400634 722 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 ABCB10P1-201ENST00000614297 2181 ntBASIC27.25■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 RASSF8-202ENST00000381352 2320 ntTSL 1 (best) BASIC27.25■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 KCTD17-202ENST00000403888 1763 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 CGREF1-203ENST00000402394 1906 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 NKX2-1-204ENST00000522719 1417 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 MIF-201ENST00000215754 939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.24■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 LRRC10B-201ENST00000378075 2219 ntAPPRIS P1 BASIC27.23■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 PSMG3-202ENST00000288607 1391 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 ZNF688-203ENST00000563276 1492 ntTSL 2 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 EIF5A-211ENST00000576930 1439 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.22■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 AL592295.1-201ENST00000400984 884 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 HSPB6-202ENST00000587965 711 ntTSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 C14orf80-203ENST00000354560 1553 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 AC009831.1-201ENST00000580420 1582 ntBASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 FAM120C-203ENST00000477084 1140 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 AC011448.1-201ENST00000555938 1100 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC27.21■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 ZNF470-206ENST00000601902 1640 ntTSL 1 (best) BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 RUNX2-205ENST00000465038 1770 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.95
COL4A4P53420 MARCH11-201ENST00000332432 1741 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.2■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 GIPC1-203ENST00000393033 1926 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 WBP1-201ENST00000233615 1294 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 PTRH1-208ENST00000543175 814 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 RAB32-201ENST00000367495 1217 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 IGFBP3-202ENST00000381083 1050 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 CBX4-201ENST00000269397 2664 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 ANAPC13-201ENST00000354910 1209 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 CAPNS1-204ENST00000587718 1558 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 RDX-210ENST00000530301 1549 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 MTURN-203ENST00000409688 843 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 PI4KAP2-202ENST00000450651 2294 ntTSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 PTGER1-201ENST00000292513 1421 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 ADAMTS13-203ENST00000371910 1074 ntTSL 1 (best) BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 AC126177.7-201ENST00000547904 679 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
COL4A4P53420 DUX4L18-201ENST00000553347 1267 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 70.3 ms