Protein–RNA interactions for Protein: P43489

TNFRSF4, Tumor necrosis factor receptor superfamily member 4, humanhuman

Predictions only

Length 277 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
TNFRSF4P43489 FCGRT-217ENST00000599988 660 ntTSL 5 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC25.68■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 ACOT7-201ENST00000361521 2429 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.68■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC25.68■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 GNG10-201ENST00000374293 1491 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 SAP25-204ENST00000622764 1031 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 NRBF2-202ENST00000435510 1816 ntTSL 2 BASIC25.67■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 ZMYND19-201ENST00000298585 1375 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.67■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 YAP1-204ENST00000526343 2393 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 MOB2-207ENST00000614710 705 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 MPP6-203ENST00000409761 1703 ntTSL 5 BASIC25.65■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 C20orf24-203ENST00000373852 1059 ntTSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 MRPL23-202ENST00000381519 643 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 MRPL23-205ENST00000397298 736 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 C11orf96-203ENST00000617612 1294 ntAPPRIS P1 BASIC25.64■■□□□ 1.7
TNFRSF4P43489 GSR-206ENST00000546342 1482 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 TPM2-203ENST00000378292 2147 ntAPPRIS ALT1 TSL 1 (best) BASIC25.64■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 SNX15-202ENST00000377244 1939 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.63■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 AL157400.5-201ENST00000507624 621 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 AL033527.3-201ENST00000566366 1196 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 GNAS-AS1_1.1-201ENST00000621898 103 ntBASIC25.63■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 PPP1CC-208ENST00000551676 1581 ntTSL 2 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC25.63■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 FGF18-201ENST00000274625 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 LTC4S-205ENST00000486713 496 ntTSL 2 BASIC25.62■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 FTCD-204ENST00000397748 1955 ntTSL 1 (best) BASIC25.62■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 KRT18P60-201ENST00000312876 1297 ntBASIC25.61■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 MYCL-202ENST00000372816 1688 ntAPPRIS P3 TSL 2 BASIC25.61■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 DNPEP-201ENST00000273075 2425 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC25.61■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 SLC9A3-AS1-207ENST00000607286 1357 ntTSL 5 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 C19orf12-207ENST00000592153 1504 ntTSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 LOR-201ENST00000368742 1230 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 ENHO-201ENST00000399775 1082 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 ARL6IP4-208ENST00000439686 796 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 FOXO6-202ENST00000641094 1476 ntAPPRIS P1 BASIC25.6■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 FHL2-202ENST00000344213 1769 ntTSL 1 (best) BASIC25.59■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 METTL24-201ENST00000338882 1119 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 REST-210ENST00000638187 1334 ntTSL 5 BASIC25.59■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 LFNG-201ENST00000222725 2377 ntAPPRIS P4 TSL 5 BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 AC107214.1-201ENST00000457303 559 ntTSL 1 (best) BASIC25.58■■□□□ 1.69
TNFRSF4P43489 POU3F1-201ENST00000373012 2184 ntAPPRIS P1 BASIC25.58■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 AMN-201ENST00000299155 1907 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC25.57■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 FOXE3-201ENST00000335071 1981 ntAPPRIS P1 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 TSPY13P-201ENST00000338964 914 ntBASIC25.57■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC25.57■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 RPL27A-206ENST00000530022 878 ntTSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 AC007029.1-201ENST00000604183 313 ntBASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 ARPC2-202ENST00000315717 1505 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.56■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 TNFRSF25-205ENST00000377782 1632 ntAPPRIS P4 TSL 1 (best) BASIC25.55■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 QDPR-208ENST00000513615 1188 ntTSL 2 BASIC25.55■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 AL359258.2-201ENST00000564063 1566 ntBASIC25.55■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 TXNRD2-205ENST00000400525 1874 ntTSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 MAPK3-203ENST00000395199 1074 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 AC004987.1-201ENST00000428627 508 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 EMC10-206ENST00000598585 1610 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 AL139393.2-201ENST00000608721 2025 ntBASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 CBLN1-201ENST00000219197 2435 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 F8A3-201ENST00000622749 1759 ntAPPRIS P1 BASIC25.54■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 ATP5G2P3-201ENST00000429083 425 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 NEUROG2-201ENST00000313341 2287 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 KDM4C-203ENST00000401787 1406 ntTSL 1 (best) BASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC25.53■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 GNAI2-202ENST00000313601 2464 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.52■■□□□ 1.68
TNFRSF4P43489 PPP1R14A-201ENST00000301242 777 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 ACOT1-202ENST00000557556 1271 ntTSL 1 (best) BASIC25.51■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 C20orf24-201ENST00000342422 896 ntTSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 C20orf24-202ENST00000344795 1114 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 DDAH2-212ENST00000375789 1688 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 DDAH2-213ENST00000375792 1688 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 LYPD6B-204ENST00000409876 1248 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 FAM222B-205ENST00000577682 549 ntTSL 4 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 RAB4B-203ENST00000594800 1173 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC25.5■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 HMCES-202ENST00000389735 1763 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 CIB2-202ENST00000539011 1511 ntTSL 1 (best) BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 PSMG4-207ENST00000451246 824 ntTSL 3 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 HOMER3-207ENST00000594794 903 ntTSL 5 BASIC25.49■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 LINC01770-201ENST00000417917 634 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 CCDC37-AS1-202ENST00000506660 986 ntTSL 1 (best) BASIC25.48■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 GNPTG-204ENST00000527137 386 ntTSL 2 BASIC25.48■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 AP002414.2-202ENST00000590929 1450 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 EFNA3-201ENST00000368408 1782 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 ABCB10P3-201ENST00000561950 2166 ntBASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 GFER-205ENST00000569451 517 ntTSL 5 BASIC25.47■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 SIGMAR1-203ENST00000378892 1743 ntTSL 2 BASIC25.46■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 SYT12-205ENST00000527043 1661 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.46■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 AC133552.2-201ENST00000619106 1032 ntBASIC25.46■■□□□ 1.67
TNFRSF4P43489 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 KLF16-204ENST00000617223 1133 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 PGM5P2-201ENST00000613141 1980 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
TNFRSF4P43489 RUNDC3A-206ENST00000590941 1675 ntTSL 1 (best) BASIC25.45■■□□□ 1.66
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 142.1 ms