Protein–RNA interactions for Protein: P27694

RPA1, Replication protein A 70 kDa DNA-binding subunit, humanhuman

Predictions only

Length 616 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
RPA1P27694 RPS2-202ENST00000526522 924 ntTSL 2 BASIC28.29■■■□□ 2.12
RPA1P27694 SURF1-205ENST00000615505 991 ntTSL 1 (best) BASIC28.29■■■□□ 2.12
RPA1P27694 AC018358.1-201ENST00000631079 1402 ntBASIC28.28■■■□□ 2.12
RPA1P27694 C17orf97-201ENST00000360127 1839 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RPA1P27694 ACOT12-204ENST00000513751 612 ntTSL 1 (best) BASIC28.28■■■□□ 2.12
RPA1P27694 GPR25-201ENST00000304244 1224 ntAPPRIS P1 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RPA1P27694 CAPNS1-211ENST00000590874 926 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RPA1P27694 ABHD17C-202ENST00000558464 1976 ntTSL 1 (best) BASIC28.27■■■□□ 2.12
RPA1P27694 SERPING1-205ENST00000403558 2231 ntTSL 5 BASIC28.27■■■□□ 2.12
RPA1P27694 HIST2H3C-201ENST00000369158 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.12
RPA1P27694 HIST2H3A-201ENST00000403683 1656 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.12
RPA1P27694 TMEM200C-201ENST00000383490 1920 ntAPPRIS P1 BASIC28.26■■■□□ 2.11
RPA1P27694 METRNL-202ENST00000570778 967 ntTSL 5 BASIC28.26■■■□□ 2.11
RPA1P27694 S1PR4-201ENST00000246115 1565 ntAPPRIS P1 BASIC28.25■■■□□ 2.11
RPA1P27694 PARD6A-201ENST00000219255 1248 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RPA1P27694 FAAP20-202ENST00000378546 729 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RPA1P27694 FAM120AOS-202ENST00000423591 1800 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.24■■■□□ 2.11
RPA1P27694 TRADD-201ENST00000345057 1877 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RPA1P27694 SLC16A3-214ENST00000582743 2002 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.23■■■□□ 2.11
RPA1P27694 TCF24-201ENST00000563496 2450 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RPA1P27694 HLA-V-202ENST00000446817 847 ntBASIC28.23■■■□□ 2.11
RPA1P27694 LINC01896-206ENST00000575722 1256 ntTSL 2 BASIC28.23■■■□□ 2.11
RPA1P27694 DTNBP1-212ENST00000622898 1305 ntTSL 1 (best) BASIC28.22■■■□□ 2.11
RPA1P27694 MBP-237ENST00000579129 1052 ntTSL 5 BASIC28.22■■■□□ 2.11
RPA1P27694 AP003068.2-202ENST00000526623 1662 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.11
RPA1P27694 LINC01003-201ENST00000564834 1764 ntBASIC28.2■■■□□ 2.11
RPA1P27694 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RPA1P27694 NSMCE4A-201ENST00000369017 1224 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RPA1P27694 CLTA-207ENST00000470744 1102 ntTSL 2 BASIC28.2■■■□□ 2.1
RPA1P27694 AC148477.6-201ENST00000623746 465 ntBASIC28.2■■■□□ 2.1
RPA1P27694 EVC-203ENST00000509451 1960 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RPA1P27694 MAPKAPK2-201ENST00000294981 2171 ntTSL 1 (best) BASIC28.2■■■□□ 2.1
RPA1P27694 C9orf50-201ENST00000372478 1620 ntAPPRIS P2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RPA1P27694 LAGE3-201ENST00000357360 949 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RPA1P27694 EFEMP2-201ENST00000307998 2034 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RPA1P27694 SPATA33-209ENST00000579310 1490 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC28.19■■■□□ 2.1
RPA1P27694 HYAL2-202ENST00000395139 2136 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.19■■■□□ 2.1
RPA1P27694 WTAP-206ENST00000621533 2109 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
RPA1P27694 AL121987.2-201ENST00000418602 1578 ntTSL 2 BASIC28.18■■■□□ 2.1
RPA1P27694 LACTBL1-202ENST00000618559 1500 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC28.18■■■□□ 2.1
RPA1P27694 CHST11-203ENST00000547956 936 ntTSL 2 BASIC28.17■■■□□ 2.1
RPA1P27694 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RPA1P27694 NTN3-201ENST00000293973 1986 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.17■■■□□ 2.1
RPA1P27694 BX255925.1-201ENST00000566954 1854 ntBASIC28.17■■■□□ 2.1
RPA1P27694 ARL6IP4-211ENST00000454885 1318 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.16■■■□□ 2.1
RPA1P27694 REXO4-201ENST00000371935 1899 ntTSL 3 BASIC28.15■■■□□ 2.1
RPA1P27694 VEGFC-202ENST00000618562 2064 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.1
RPA1P27694 STARD10-220ENST00000545082 1085 ntTSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
RPA1P27694 UBA52-204ENST00000595158 743 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.14■■■□□ 2.1
RPA1P27694 AC073111.5-206ENST00000642087 859 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
RPA1P27694 F8A1-201ENST00000610495 1713 ntAPPRIS P1 BASIC28.14■■■□□ 2.1
RPA1P27694 SETBP1-202ENST00000426838 1785 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.14■■■□□ 2.09
RPA1P27694 MIR219A2-201ENST00000608502 1504 ntBASIC28.13■■■□□ 2.09
RPA1P27694 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RPA1P27694 NELFB-202ENST00000634710 1887 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RPA1P27694 PLEKHF2-202ENST00000519516 1144 ntAPPRIS P1 TSL 3 BASIC28.13■■■□□ 2.09
RPA1P27694 SHOX2-201ENST00000389589 2072 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.13■■■□□ 2.09
RPA1P27694 FAAH-201ENST00000243167 2094 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RPA1P27694 HDHD5-202ENST00000336737 1799 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RPA1P27694 RPS20-211ENST00000524349 752 ntTSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RPA1P27694 MIR4449-201ENST00000578365 66 ntBASIC28.12■■■□□ 2.09
RPA1P27694 PLSCR3-202ENST00000535512 2067 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.12■■■□□ 2.09
RPA1P27694 C16orf74-204ENST00000602719 1002 ntAPPRIS ALT2 TSL 3 BASIC28.11■■■□□ 2.09
RPA1P27694 FBXL8-206ENST00000519917 1460 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RPA1P27694 VEGFA-208ENST00000417285 1081 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
RPA1P27694 BOK-AS1-201ENST00000434306 643 ntTSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
RPA1P27694 AC009041.3-201ENST00000564390 879 ntTSL 5 BASIC28.1■■■□□ 2.09
RPA1P27694 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.1■■■□□ 2.09
RPA1P27694 PRR5-ARHGAP8-202ENST00000361473 2013 ntTSL 5 BASIC28.09■■■□□ 2.09
RPA1P27694 CDC34-201ENST00000215574 1471 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RPA1P27694 COPZ2-210ENST00000621465 895 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.08■■■□□ 2.09
RPA1P27694 CD6-206ENST00000452451 1782 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RPA1P27694 ANKRD65-205ENST00000537107 2190 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC28.06■■■□□ 2.08
RPA1P27694 ZNF775-201ENST00000329630 2257 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RPA1P27694 LYPD6B-203ENST00000409642 1577 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RPA1P27694 ZNF639-209ENST00000496856 2033 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RPA1P27694 RAD21-AS1-201ENST00000521487 2010 ntTSL 1 (best) BASIC28.06■■■□□ 2.08
RPA1P27694 MFSD12-201ENST00000355415 2124 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC28.05■■■□□ 2.08
RPA1P27694 AC010907.1-201ENST00000441632 807 ntTSL 3 BASIC28.05■■■□□ 2.08
RPA1P27694 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC28.05■■■□□ 2.08
RPA1P27694 CDH24-206ENST00000610348 2037 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RPA1P27694 RAB40C-201ENST00000248139 2699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RPA1P27694 PDF-201ENST00000288022 1158 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RPA1P27694 AQP1-203ENST00000409899 1009 ntTSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RPA1P27694 PLEKHF1-201ENST00000436066 2084 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC28.04■■■□□ 2.08
RPA1P27694 SOWAHD-201ENST00000343905 1552 ntAPPRIS P1 BASIC28.03■■■□□ 2.08
RPA1P27694 DHRS13-203ENST00000426464 1569 ntTSL 2 BASIC28.03■■■□□ 2.08
RPA1P27694 RUNX2-211ENST00000625924 1458 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 AC078883.1-202ENST00000450443 1397 ntTSL 3 BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-202ENST00000324450 954 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-203ENST00000372055 1286 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-213ENST00000482630 1146 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-227ENST00000615393 984 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-228ENST00000617771 1116 ntTSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-229ENST00000621747 1116 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-230ENST00000640482 1065 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 VEGFA-232ENST00000640653 1170 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 MRPL4-201ENST00000253099 1455 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 TBX1-201ENST00000329705 1465 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC28.02■■■□□ 2.08
RPA1P27694 SHF-208ENST00000560734 1731 ntTSL 3 BASIC28.01■■■□□ 2.07
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 17.7 ms