Protein–RNA interactions for Protein: P12111

COL6A3, Collagen alpha-3(VI) chain, humanhuman

Predictions only

Length 3,177 aa.

Download Table  
Protein RNA Prediction (catRAPID) Interaction (ENCODE eCLIP)
Gene UniProt Accession Transcript Symbol Ensembl Transcript ID Length Transcript Status Prediction Score Prediction z-Score p-Value Fold Change
COL6A3P12111 SMPD5-203ENST00000639008 1464 ntBASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 GAL3ST3-203ENST00000527878 1599 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 FAM173A-202ENST00000564000 1088 ntAPPRIS ALT2 TSL 2 BASIC27.19■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 PYCARD-202ENST00000350605 696 ntTSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 DEXI-202ENST00000469379 1393 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 MT1E-201ENST00000306061 704 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 AC104002.3-202ENST00000557170 1100 ntTSL 3 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 KCTD15-206ENST00000588881 1211 ntAPPRIS P1 TSL 2 BASIC27.18■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 AC139795.1-203ENST00000515045 853 ntTSL 2 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 CFD-202ENST00000592860 809 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 GSR-205ENST00000541648 1410 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 TTC36-201ENST00000302783 874 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 UBE2D2-205ENST00000505548 1113 ntTSL 1 (best) BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 UBE2E3-213ENST00000602959 909 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 PRMT5-228ENST00000627278 129 ntTSL 5 BASIC27.17■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 AC145124.1-201ENST00000528514 1361 ntTSL 2 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 SHISA8-202ENST00000621082 1405 ntAPPRIS P2 TSL 5 BASIC27.16■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 PABPC1L-202ENST00000217074 1263 ntTSL 5 BASIC27.15■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 AL139246.5-201ENST00000606645 996 ntBASIC27.15■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 PEMT-201ENST00000255389 1013 ntTSL 1 (best) BASIC27.14■■□□□ 1.94
COL6A3P12111 RPS2-210ENST00000530225 765 ntTSL 2 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 CCDC194-202ENST00000636079 705 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC27.14■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 MAP4K3-211ENST00000484274 407 ntTSL 2 BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 MIR1-1HG-202ENST00000624914 1220 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 PABPN1-201ENST00000216727 2001 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 GRAMD4P7-201ENST00000578182 1232 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 PVT1_1.1-201ENST00000615125 194 ntBASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 SRRM2-231ENST00000630499 1207 ntTSL 1 (best) BASIC27.13■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 FLVCR1-AS1-203ENST00000426161 892 ntTSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 EBAG9-202ENST00000395785 1467 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 EPB41L4A-AS2-201ENST00000623705 1396 ntBASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 FAM78B-201ENST00000338353 1597 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.12■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 AC064853.4-201ENST00000641394 363 ntAPPRIS P1 BASIC27.11■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 LSM6-202ENST00000502781 1352 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 FKBP1B-202ENST00000380991 1010 ntTSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 AC074183.2-201ENST00000623112 922 ntBASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 SDF2L1-201ENST00000248958 865 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 DTWD2-204ENST00000515439 1275 ntTSL 5 BASIC27.1■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 C16orf52-207ENST00000569656 1257 ntTSL 5 BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 PTPA-210ENST00000414510 1153 ntTSL 1 (best) BASIC27.09■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 CALM1-203ENST00000544280 1064 ntTSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 Z92544.1-202ENST00000571933 1220 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 TYMP-201ENST00000252029 1630 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 AC026202.3-201ENST00000600805 1127 ntBASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 BOD1-202ENST00000311086 1562 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.08■■□□□ 1.93
COL6A3P12111 TMEM134-202ENST00000393877 823 ntTSL 1 (best) BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 GUCD1-207ENST00000447813 895 ntTSL 3 BASIC27.07■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 TRNP1-201ENST00000522111 1958 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 AC104564.3-201ENST00000582367 638 ntBASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 P2RX2-205ENST00000352418 1200 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 NKX2-5-202ENST00000424406 1124 ntTSL 1 (best) BASIC27.06■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 ZDHHC3-203ENST00000342790 1336 ntTSL 5 BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 KLHDC9-203ENST00000392192 1333 ntTSL 1 (best) BASIC27.05■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 IZUMO4-202ENST00000395301 1021 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 VIPR2-204ENST00000421760 717 ntTSL 3 BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 SLC2A4RG-201ENST00000266077 1731 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.04■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 C14orf80-211ENST00000450383 1107 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 GSX2-202ENST00000503800 1181 ntTSL 5 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 HOMER3-202ENST00000392351 1557 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 CRELD2-203ENST00000404488 1577 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 AC026271.2-201ENST00000428091 497 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 SUMF1-205ENST00000458465 1102 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 PABPN1-207ENST00000556821 1220 ntTSL 2 BASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 AL031848.2-201ENST00000607670 837 ntBASIC27.03■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 PPP4C-201ENST00000279387 1407 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 TSPAN11-203ENST00000545802 1649 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 RNF146-205ENST00000477776 762 ntTSL 3 BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 FSD1L-204ENST00000469022 1836 ntTSL 1 (best) BASIC27.02■■□□□ 1.92
COL6A3P12111 WHAMMP2-203ENST00000563942 1603 ntBASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 SMKR1-201ENST00000462322 1035 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 WBP1-202ENST00000393972 1325 ntTSL 2 BASIC27.01■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 VSTM2A-202ENST00000402613 1076 ntTSL 2 BASIC27■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 AC139795.1-202ENST00000500444 432 ntBASIC27■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 AC093762.1-201ENST00000641981 837 ntAPPRIS P1 BASIC27■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 MED25-210ENST00000612854 801 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 MED25-213ENST00000620467 1293 ntTSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 MED25-214ENST00000622402 642 ntTSL 5 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 AL590094.1-201ENST00000635581 706 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 NPTXR-202ENST00000640136 1503 ntAPPRIS P2 TSL 1 (best) BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 CREM-229ENST00000474362 1030 ntTSL 2 BASIC26.99■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 AP2S1-201ENST00000263270 935 ntAPPRIS P3 TSL 1 (best) BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 PCGF3-202ENST00000400151 1175 ntTSL 2 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 KHSRP-213ENST00000619396 2226 ntAPPRIS ALT2 TSL 5 BASIC26.98■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 PRR7-204ENST00000510492 1285 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 AC005837.3-201ENST00000612163 286 ntBASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 XKR6-201ENST00000297303 1550 ntTSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 KIAA2013-203ENST00000616327 2170 ntAPPRIS P1 TSL 5 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 PRELID2-204ENST00000505416 738 ntAPPRIS P2 TSL 3 BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 GPRC5B-202ENST00000535671 1215 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.97■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 AC135983.2-203ENST00000454486 1613 ntBASIC26.96■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 PPP4C-214ENST00000627746 1301 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 JMJD8-216ENST00000609261 1901 ntAPPRIS ALT2 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 MARCKSL1-201ENST00000329421 1699 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.91
COL6A3P12111 MPC1-201ENST00000341756 976 ntTSL 1 (best) BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 RAP2CP1-202ENST00000605179 643 ntBASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 MPC1-206ENST00000621630 977 ntAPPRIS ALT1 TSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 MPC1-207ENST00000621685 1192 ntTSL 5 BASIC26.95■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 AC110285.6-201ENST00000617652 491 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 G6PC3-201ENST00000269097 1533 ntAPPRIS P1 TSL 1 (best) BASIC26.94■■□□□ 1.9
COL6A3P12111 AC110285.7-201ENST00000624417 1536 ntBASIC26.94■■□□□ 1.9
Retrieved 100 of 98,524 protein–RNA pairs in 76 ms